Затем Рёпер был назначен адъюнкт-профессором Базельского университета, в 1829 году стал полным профессором. В 1836 году ему была присвоена почётная степень доктора философии, затем он вернулся в Росток, где сменил Г. Г. Флёрке на должности профессора общей биологии. В 1837 годуТюбингенский университет присвоил Рёперу почётную степень доктора биологических наук. В 1846 году он стал главным библиотекарем Ростокского университета.
19 июня 1880 года у Рёпера случился инсульт, после чего он был вынужден отказаться от работы. 17 марта1885 года он скончался после второго инсульта.
Некоторые научные работы
Roeper, J.A.C. (1824). Enumeratio Euphorbiarum. 68 p., 3 pl.
Roeper, J.A.C. (1830). De floribus et affinitatibus Balsaminearum. 70 p.
Roeper, J.A.C. (1843—1844). Zur Flora Mecklenburgs. 2 vol.
Roeper, J.A.C. (1860). Vorgefasste botanische Meinungen. 74 p.