Основная масса христиан являются католиками. Это связано с тем, что страну открыли и колонизовали испанцы в эпоху Контрреформации. До этого на Филиппинах жили племена язычников, поэтому христианство позволило им консолидироваться. Самые древние католические храмы здесь датируются с XVI веком[1]. Одной из особенностей филиппинского католицизма является тот факт, что некоторые особенно ревностные верующие в Страстную Пятницу занимаются самобичеванием и позволяют распинать себя на крестах[2].
Независимая Филиппинская Церковь была основана Грегорио Аглипаем, католическим священником и борцом за независимость Филиппин, в 1902 году как католическая национальная филиппинская церковь. Появление её было вызвано происпанской позицией католического церковного руководства во время войны Филиппин за независимость от Испании. В свою очередь, католическая церковь лишила Г. Аглипая в 1899 году сана священника.
Независимая Филиппинская церковь не признаёт над собой верховной власти Ватикана, во главе её стоит митрополит. Она также отрицает целибат и некоторое время ставила под сомнение святость Троицы, но в 1947 году аглипаянцы (церковь называется по имени своего основателя) официально провозгласили, что признают догму о Троице. В число святых Независимой Филиппинской церкви принято много борцов и мучеников освободительной войны, павших в боях с испанцами и американцами.
В настоящее время церковь насчитывает в своих рядах около 4 миллионов верующих. Кроме Филиппин, общины аглипаянцев существуют также в США и в Канаде. Независимая Филиппинская церковь поддерживает тесные связи с Англиканской церковью и старокатолическими церквями.
Православие на Филиппинах представлено церковными структурами Константинопольского, Антиохийского и Московского патриархатов. Миссия среди филиппинцев действует с 1990 года. Большая часть православных проживает на острове Минданао и является бывшими аглипаянцами.
Ислам
Мусульманское меньшинство (5 % населения) преимущественно живёт на юге страны. Отношения христианской и мусульманской общин напряжённые, присутствует конкуренция за умы верующих, а среди мусульман растет число желающих вернуть себе некогда утраченную государственность. (Автономный регион в Мусульманском Минданао). Ислам был завезен на Филиппины ещё в 1210 году арабскими купцами и получил распространение преимущественно на острове Минданао[5], где к XV веку появились два султаната[6].