КПП «Рафиах» был снова открыт 25 ноября 2005 года и работал почти ежедневно до 25 июня 2006 года. С этого дня и до ноября 2006 года он регулярно закрывался Египтом по согласованию с Израилем (примерно 86 % времени) из-за соображений безопасности.
23 января 2008 года вооруженные люди в масках частично разрушили стену около КПП Рафиах и десятки тысяч жителей Газы прорвалось в Египет, большинство из них стремилось купить продукты и материалы[4].
18 ноября 2017 года работа КПП была возобновлена под контролем инспекторов Палестинской Автономии[5].
9 и 10 октября 2023 года после нападения ХАМАСа на Израиль и блокады сектора Газа ИзраилемАрмия обороны Израиля предупредила власти Газы и нанесла авиаудары по подземным туннелям для переброски оружия в районе КПП Рафиах[6], после которых КПП закрылся, но губернатор египетской провинции Северный Синай Мухаммед Абдель Фадиль Шуша заявил, что если понадобится его могут открыть для приема раненых палестинцев[7][8].