Во взрослом футболе дебютировал в сезоне 1991/92 выступлениями за берлинскую «Герту», в которой провел четыре сезона, приняв участие в 80 матчах чемпионата.
В 1995 году перешёл в «Байер 04», за который сыграл 13 сезонов. Большую часть времени, проведённого в составе «Байера», Карстен был основным игроком команды. Завершил профессиональную карьеру футболиста в 2008 году.