Родился недалеко от Лиона в 1851 году в семье розовода Жана Перне (Jean Pernet, 1832—1896).
В 1879 году начал свою карьеру в питомнике «Ducher» созданного Клодом Дюше и принадлежащего его вдове Марии Серлен. В 1882 году женился на дочери владельца питомника Марии Дюше и добавил к своей фамилии фамилию жены «Pernet-Ducher». Через некоторое время вдова Дюше передаёт права директора своему зятю. Объединив два семейных предприятия, Жозеф Перне-Дюше основывает новую компанию — «Лионские розы Перне-Дюше». В 1898 году покинув Лион, молодая семья поселяется в Венисьё[2].
Одной из самых первых новинок Жозефа Перне-Дюше стала роза 'Madame Caroline Testout' (1890). Роза создана по заказу модной парижской портнихи Каролины Тесту (Caroline Testout). Сорт оказался одним из самых продаваемых на протяжении десятилетий. В 1920 году в парках, садах и вдоль дорог Портленда (Орегон, США) были посажены десятки тысяч 'Madame Caroline Testout'[3]. Четыре года спустя Перне-Дюше выпускает серебристую 'Madame Abel Chatenay' (1894), ставшую столь же известной. За ней следуют 'Antoine Rivoire' (1895) и другие чайно-гибридные сорта. В 1898 году Жозеф создаёт 'Soleil d'Or' (1900), что в переводе означает «Золотое Солнце». Это был революционный прорыв в селекции роз. Такой ярко-жёлтой розы, с оттенком меди и апельсина, ещё не было в мире. 'Soleil d'Or' положила начало новому направлению в селекции, ориентированному на насыщенность и нюансы оттенков.
На основе нескольких сортов роз, происходящих от 'Soleil d'Or' был выделен новый класс — пернецианские розы (Pernetiana). Впоследствии, в процессе бесконечных скрещиваний, пернецианские розы так смешались с другими чайно-гибридными сортами, что утратили свою исключительность и входящие в него сорта были отнесены к классу чайно-гибридные розы. На территории России, а затем СССР, термин «пернецианские розы» прижился и сохранился по сей день. К ним относят розы, цветущие крупными махровыми цветками с оранжевыми, розово-оранжевыми, жёлтыми, ярко-оранжево-красными лепестками, которые иногда имеют разные тона сверху и снизу. Листья ярко-зелёные, у многих сортов сверху блестящие молодые листья нередко имеют бронзовый оттенок. Пернецианские розы обильно и непрерывно цветут, имеют приятный аромат, хорошо выносят известковые почвы и засушливый климат. По росту, общему габитусу растений и зимостойкости пернецианские розы сходны с чайно-гибридными.
За время его жизни Перне-Дюше его розы собрали 135 премий и медалей. В частности в период между 1907 и 1925 годами, 13 раз выигрывал золотую медаль на ежегодном Конкурсе Багатель (Международный конкурс роз в Париже).
Неподалёку от питомников Перне-Дюше жил и работал его племянник Шарль Дюше (Charles Ducher), вице-президент Французского Общества Розоводов и создатель нескольких интересных сортов роз[2].
В 1923 году Перне-Дюше на садоводческой выставке в Лиможе встречает своего старого друга Раймона Гожара. Тот знакомит Жозефа с сыном, двадцатилетним студентом Парижского Агрономического института Жан-Мари Гожаром (Jean-Marie Gaujard). Именно он после смерти своего учителя продолжит дело Перне-Дюше. Жозеф Перне-Дюше умирает в 1928 году в возрасте 69 лет[2].
В настоящее время шестое поколение семьи Дюше представляет Фабьен Дюше (Fabien Ducher). В 2000 году Фабьен начинает заниматься историей семьи и розами созданными предками. Многие сорта находятся в Австралии и Новой Зеландии. В своём питомнике в Шатонёф (Châteauneuf-sur-Loire) Фабьен собирает разнообразные розы и выпускает каталог «Розы старинные и современные, Розарий Фабьена Дюше, 42800 Шатонёф», где из 200 наименований старинных роз, находятся около ста сортов селекции Дюше, Перне и Перне-Дюше. Почти все сорта создаваемые Фабьеном Дюше имеют названия, касающиеся либо истории розоводства, либо истории садоводства Франции[2].
Во Франции 28 мая 1999 года, ко дню открытия 8-й Международной конференции по старинным розам была выпущена почтовая марка с изображением розы 'Madame Caroline Testout' созданной Жозефом Перне-Дюше в 1890 году[7].
