С 1900 по 1918 Ове Паульсен работал куратором в Ботаническом музее Университета. В 1911 году Паульсен стал доктором философии. В 1913 году посетил Северную Америку в качестве одного из членов Второй Международной фитогеографической экскурсии. Также принимал участие в Третьей Экскурсии 1923 года в Швейцарии.
В 1920 году он был приглашён на должность профессора Датского фармацевтического колледжа, где работал вплоть до 1944 года.