Голосование на 546 тысячах избирательных участках открылось 9 апреля в 07:00 по индонезийскому времени (04:00 по московскому) и завершится в 13:00 (10:00). Выборы должны были быть признаны состоявшимися при любой явке[2]. Как сообщил министр-координатор по вопросам политики, права и безопасности Индонезии Джоко Суянто, из-за угрозы терактов во время выборов были усилены меры безопасности: «Дополнительные армейские подразделения стянуты в провинции Ачех и Папуа, где сильны сепаратистские настроения. Мы не допустим, чтобы недовольные итогами голосования дестабилизировали обстановку на архипелаге. У нас уже есть опыт оперативного реагирования на насильственные действия». Всего, по его данным, за общественным порядком следили свыше 1,3 млн сотрудников правоохранительных органов и военнослужащих[3]. На голосование было отведено шесть часов. В 35 районах провинции Папуа выборы пришлось отложить, так как из-за нелетной погоды туда пока не могут доставить избирательные бюллетени[4].
Партии или коалиции, набравшие 20 % мандатов или 25 % всех голосов, получат право на выдвижение своих кандидатов на президентских выборах в июле 2014 года. В списках для голосования 12 партий. Наибольшими шансами, по оценкам наблюдателей, обладала Демократическая партия борьбы Индонезии, во главе с губернатором Джакарты Джоко Видодо, в то время как популярность Демократической партии во главе с президентом ИндонезииСусило Бамбангом Юдойоно значительно упала из-за коррупционных скандалов[5].