Симоне — выпускник футбольной академии «Аталанты».
В 2003 году «Виченца» приобрела у «Аталанты» половину прав на футболиста. По окончании сезона «Виченца» выкупила остальные 50 % прав на полузащитника. В сезоне 2007/08 Падоин вновь оказывается в «Аталанте» — клуб из Бергамо возвращает Симоне в свои ряды, полностью выкупая права на него у «Виченцы».
По завершении сезона 2009/10 «Ювентус» берёт Падоина в летнее предсезонное турне по США, однако, сыграв за «бьянконери» несколько матчей в Америке, он вновь возвращается в «Аталанту»[3].
31 января 2012 года Падоин переходит в «Ювентус» на постоянной основе[4].
4 июля 2016 года «Ювентус» подтвердил, что Падоин был продан вернувшемуся в Серию A «Кальяри» за 600 тысяч евро.
2 сентября 2019 года Падоин перешёл в «футбольный клуб Асколи», где 2 октября 2020 года завершил карьеру футболиста[5].
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
