Спецслужбы этих государств, действуя скоординировано, организовывали похищения, пытки и казни без суда и следствия представителей оппозиции (в частности, печально известные «полёты смерти»). Жертвами становились видные политики, дипломаты и общественные деятели. В общей сложности, по различным оценкам, жертвами террора тех лет стали от 40 до 60 тысяч человек: 30 тысяч аргентинцев, 3 тысячи перуанцев, более 3 тысяч чилийцев, 160 парагвайцев, 150 боливийцев, 140 уругвайцев и 6 эквадорцев[1][2][3][4][5].
В 2001 году ряд правозащитных организаций предъявили иски к бывшему госсекретарю США Генри Киссинджеру, обвинив его в причастности к проведению операции «Кондор». Аргентинский судья, ведущий уголовное расследование, заявил, что Киссинджер является потенциальным подозреваемым и даже ответчиком. Киссинджер незамедлительно покинул Францию после вызова на допрос к следователю и отказался от поездки в Бразилию[6].
27 мая 2016 г. апелляционный суд в Буэнос-Айресе по делу об операции «Кондор» приговорил 15 бывших военных к тюремному заключению сроками от 8 до 25 лет за участие в убийствах и пытках. Последнего военного диктатора Аргентины, 88-летнего Рейнальдо Биньоне, приговорили к 20 годам лишения свободы. Аргентинский генерал Сантьяго Риверос и уругвайский полковник Мануэль Кордеро Пиацентини были приговорены к 25 годам тюрьмы[7].
8 июля 2019 г. апелляционный суд в Риме приговорил ещё 24 бывших военных из Боливии, Чили, Уругвая и Перу к пожизненному лишению свободы: все были признаны виновными в похищении и убийстве итальянских граждан. Из 24 человек 14 — граждане Уругвая, в том числе скрывавшийся в Италии от суда Хорхе Нестор Трокколи. В связи с тем, что многие из оставшихся осуждённых уже были приговорены судами других стран за преступления в ходе операции «Кондор», в Риме сторону обвиняемых представлял только Трокколи[8].
↑J. Patrice McSherry. Tracking the Origins of a State Terror Network: Operation Condor (англ.) // Latin American Perspectives[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 29, no. 1. — P. 36—60.