Профессиональная теннисистка в 1987—1999 годах. Одна из самых ярких звезд женского тенниса 1990-х годов. За карьеру выиграла 24 одиночных турнира и 76 парных соревнований.
Наивысшая позиция в рейтинге — 2 (28 сентября 1997 года).
Наиболее удачно спортсменка выступала на быстрых покрытиях (в частности, на кортах Уимблдона). Одна из немногих игроков, делавших акцент на игре с лета.
Первоначально Новотна громко заявила о себе как парный игрок. Но благодаря тренеру Гане Мандликовой в дальнейшем Яна стала отличным игроком в одиночных соревнованиях. В четвертьфинале Открытого чемпионата Австралии1991 года Новотна сенсационно обыгрывает первую ракетку мира Штеффи Граф со счетом 5-7 6-4 8-6. В полуфинале переигрывает третью в рейтинге сильнейших Аранчу Санчес Викарио со счетом 6-2 6-4. В финале в напряженном матче уступает второй ракетке мира Монике Селеш в трех сетах 7-5 3-6 1-6. С этого момента начинается восхождение чешки на теннисный Олимп. В 1993 и 1997 годах играет в финалах Уимблдона.
Особенно драматично складывался финал 1993 года, где Новотна встречалась со Штеффи Граф. На Уимблдоне-93 Новотна была посеяна под восьмым номером, но находилась в своей лучшей спортивной форме. В чертвертьфинале она переиграла крайне неудобную для себя соперницу Габриэлу Сабатини (4 номер посева) со счетом 6-4 6-3. В полуфинале Новотна сумела нанести поражение легендарной Мартине Навратиловой (второй номер посева) со счетом 6-4 6-4. В финале чешка встретилась с лидером мирового женского тенниса Штеффи Граф. После проигранного в борьбе первого сета Новотна с разгромным счетом вела игру во втором и третьем сетах. Счет был 6-7 6-1 4-1 в пользу Яны Новотной, и казалось, что победа в кармане у чешки. Однако Граф сумела вернуться в игру. Пять геймов подряд выигрывает легендарная немка и в пятый раз поднимает кубок Уимблдона. Новотна плачет на церемонии награждения и заверяет болельщиков, что все равно победит на Уимблдоне. В 1998 году приходит долгожданная победа. В финале Новотна обыгрывает француженку Натали Тозья со счетом 6-4 7-6. Это единственная победа спортсменки в одиночных соревнованиях турниров Большого шлема.
Наивысшими позициями в рейтинге отмечены сезоны 1997 и 1998 годов, когда Новотна входила в тройку сильнейших и боролась за звание первой ракетки мира.
В 1998 году она могла бы стать первой ракеткой мира в случае победы на Открытом чемпионате США, но оступилась в полуфинале соревнования. В 1999 году завершает выступления в профессиональном Туре.
Очень успешно Новотна выступала в парных соревнованиях. В 1988 году в Сеуле становится серебряным призёром Олимпиады в паре с Хеленой Суковой. В финале представительницы Чехословакии в очень упорной борьбе уступили американкам Зине Гаррисон и Пэм Шрайвер — 6-4 2-6 8-10. В 1992 году на Играх в Барселоне Новотна играла в паре с Андреа Стрнадовой и уступила в 1/4 финала австралийской паре. В 1996 году в Атланте Новотна и Сукова вновь завоевали серебряную медаль, проиграв в финале американкам Джиджи Фернандес и Мэри-Джо Фернандес в двух сетах. Также Яна выиграла бронзовую медаль в одиночном турнире на Олимпиаде в Атланте (поражение в полуфинале от Аранчи Санчес Викарио 4-6 6-1 3-6 и победа в матче за третье место над Мэри Джо Фернандес). 12 раз выигрывала турниры Большого шлема в женском парном разряде и 4 раза — в миксте.
В 2006 году приняла также американское гражданство.
После завершения карьеры Яна стала заниматься благотворительностью и часто проводила выставочные матчи, в период 2000—2002 годов она комментировала поединки на Уимблдоне для Би-би-си, затем стала комментатором теннисных соревнований на чешском телевидении. В последние годы стала активно заниматься тренерской деятельностью — в 2013 году под её руководством тренировалась известная теннисистка Марион Бартоли, а начиная с 2014 года — чешка Барбора Крейчикова.
Новотна много лет жила во Флориде (США), но в 2010 году вернулась в свой родной город Брно (Чехия). 19 ноября2017 года она скончалась от многолетнего онкологического заболевания[5][6]. Спортсменка являлась лесбиянкой и последние семь лет жизни состояла в партнерских отношениях с бывшей польской теннисисткой Ивоной Кучиньской.