Родился в селении Маседа, округ Оренсе в области Галисия (Испания), около 1460 года. Когда Хуан был ребёнком, испанскую Галисию охватил конфликт, известный как Восстание Священного Братства (или Восстание Ирмандиньо), поэтому семья переправила его в более спокойную Португалию. Там он поступил на военную службу португальской короне. За участие в боевых действиях на севере Африки в 1497 году был удостоен титула алкайдаЛиссабона (порт.Alcaide menor de Lisboa).
На обратном пути из Индии в Португалию 21 мая1502 года Жуан да Нова открыл остров Святой Елены. Главным результатом этой экспедиции стало основание торговой фактории в Каннуре.
Тристан да Кунья вызволил Жуана да Нова и его людей из пролива и помог им вернуться в Индию. Там своенравный мореход вступил в спор (дошедший до рукоприкладства) с Афонсу де Албукерки по поводу планов завоевания Ормуза. За доблесть, показанную при взятии Маската, он был помилован, но получил в бою ранение, от которого и умер по возвращении в Кочин в 1509 году.
