Берёт своё начало в Кузнецком Алатау. Типично горная река. Протекает на значительном протяжении в узкой долине с высокими берегами. Общее падение реки от истока до устья — свыше 500 м. Русло изобилует островами и перекатами. Впадает в Томь на 474 км от устья. Находится в зоне заповедника «Кузнецкий Алатау» (с 1989 года). До учреждения заповедника в верховьях и на притоках Нижней Терси (Полудневая, Большой Заячий ручей, Северная, Пезас) велись добыча россыпного золота, промысловая охота, добыча дикоросов.
Длина — 110 км, площадь водосборного бассейна — 1210 км²[2].
Скорость течения на основном протяжении реки 0,7—1,0 м/с в межень, 3,0—4,0 м/с в паводок.
По данным наблюдений с 1958 по 1966 годы среднегодовой расход воды в 30 км от устья составляет 40,62 м³/с, наибольший приходится на май, наименьший — на март[3].
Средний расход воды (м³/с) реки Нижняя Терсь по месяцам с 1958 по 1966 гг. (замеры производились на гидрологическом посту в 30 км от устья)[3]
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 15. Алтай и Западная Сибирь. Вып. 2. Средняя Обь / под ред. В. В. Зееберг. — Л.: Гидрометеоиздат, 1967. — 351 с.