Джеймс учился в государственных школах, после чего окончил Западный университет Пенсильвании (англ.Western University of Pennsylvania, ныне — Питтсбургский университет). Участвовал в Американо-мексиканской войне в качестве добровольца 1st Pennsylvania Volunteers. После войны стал фермером, также занялся садоводством.
Был также участником Гражданской войны в США. 19 апреля 1861 года был назначен бригадным генералом милиции штата Пенсильвания. Создал бригаду добровольцев и служил под командованием Роберта Паттерсона[англ.] в долине Шенандоа. Назначение Негли на пост генерал-майора истек 20 июля, но он продолжал находиться в звании бригадного генерала волонтеров. В октябре 1861 года был назначен командиром 7-й бригады Department of the Ohio. Участвовал в экспедиции на Чаттанугу и битве при Чаттануге. Поход оказался удачным для Армии Союза.[2]
29 ноября 1862 года Негли был назначен генерал-майором и принял командование 8-й дивизией Армии Огайо (англ.Army of the Ohio). Его дивизия вместе с дивизией под командованием генерала Джорджа Томаса в составе XIV-го корпуса Армии Союза участвовала в сражении при Стоун-Ривер, где Джеймс Негли сыграл важную роль в победе Союза. Затем участвовал в Туллахомской кампании и битве при Чикамоге, где после разгрома Армии Союза, он был обвинён в этом поражении, освобождён от командования, но впоследствии был оправдан. Когда Улисс Грант в 1864 году стал генерал-аншефом, он снова пригласил Джеймса Негли в свою команду. Но в январе 1865 года Негли окончательно ушёл в отставку с военной службы.
После войны, в 1868 году, был избран от республиканцев в Конгрессе Соединенных Штатов, где работал с 1869 по 1875 годы. В 1877 году, во время железнодорожных беспорядков в Питтсбурге[англ.], Негли служил командиром ополчения, поддерживающего порядок в городе.В 1874—1878 и 1882—1888 годах он входил в состав Совета управляющих Национального дома для солдат-добровольцев с ограниченными возможностями (англ.National Home for Disabled Volunteer Soldiers). В 1884 году снова был избран в Конгресс и работал там с 1885 по 1887 годы. Уйдя из политики, занимался делами в железнодорожной отрасли. В 1897 году как ветеран войн от Пенсильвании, был удостоен ордена Military Order of Foreign Wars.
Умер 7 августа1901 года в городе Плейнфилд, штат Нью-Джерси. Похоронен на кладбищеAllegheny Cemetery в Питтсбурге.[3]
Форт Негли[англ.], построенный в городе Нэшвилл, штат Теннесси, в 1862 году, был назван в его честь. Этот форт стал самым большим каменным фортом, построенным во время Гражданской войны.[4]