В 1995 году постановлением кабинета министров РБ переименован в Национальный молодёжный театр РБ.
В 1999 году театр открыл камерную сцену, ставшую площадкой для экспериментальной режиссуры, реализован проект «Классика на камерной сцене».
В 2002 году свой XIII театральный сезон Национальный молодёжный театр РБ им. Мустая Карима открыл в новом здании.
В январе 2006 года Указом Президента РБ театру присвоено имя народного поэта Башкортостана Мустая Карима.
При НМТ РБ им. М.Карима работают детские студии: Студия детского мюзикла под руководством заслуженной артистки РБ Гульшат Гайсиной и Детская театральная студия «Апельсин» под руководством заслуженной артистки РФ Людмила Воротниковой.
Артисты НМТ РБ им. Карима сотрудничают с телеканалами, активно снимаются в кино.
Театр участвовал во многих фестивалях:
Международный фестиваль «Полёт Чайки» (Санкт-Петербург, 1995)
5-й Российский театральный фестиваль «Царь-сказка» (Великий Новгород, 1998)
Международный фестиваль «Театр без границ» (Магнитогорск, 1999)
Фестиваль театров для детей и молодежи «Реальный театр» (Екатеринбург, 1999)
Международный фестиваль «Мир театра» (Астана, 2006)
2-й театральный фестиваль имени Ю. П. Киселева «От А до Я» (Саратов, 2008)
Всероссийский фестиваль «Театр детства и юности — 21 век» Воронеж.
Всероссийский фестиваль для детей и молодежи «Золотая репка», Самара.
4-й Международный фестиваль-конкурс «Золотой конек», Тюмень
3-й Международный фестиваль «Молодые театры России», Омск, 2004.
Международный фестиваль тюркоязычных театров «Туганлык», Уфа и т. д.