Научные школы в Башкортостане —  научные сообщества в Республике Башкортостан со своими научными системами и научными взглядами на актуальные проблемы науки. В формировании научных школ Республики Башкортостан принимают участие как видные учёные Республики, так и государство, привлекая к работе в Республике ведущих учёных разных областей науки (А. Ф. Лентьев^[1], В. В. Напалков, В. П. Громов, Ю. Н. Фролов и др.).

Научные школы в РБ сформировались в рамках кафедр учебных институтов и университетов (Башкирский государственный университет, Уфимский государственный авиационный технический университет, Башкирский государственный аграрный университет, Уфимский государственный нефтяной технический университет^[2], Башкирский государственный педагогический университет имени М. Акмуллы и др.), отделениях Академии наук РБ, РАН (Институт истории, языка и литературы УНЦ РАН), НИИ и объединений учёных разных уровней.

Развитие в РБ нефтедобычи и нефтепереработки обусловило специализацию ряда научных школ в изучении трубопроводного транспорта, химических полимеров, аппаратостроении, развитии математического аппарата, используемого для анализа прочности конструкций. Одним из ведущих офтальмологических учреждений в стране является Уфимский НИИ глазных болезней со своей офтальмологической школой.

Широкие возможности и необходимость развития сельского хозяйства, районирования растений привели к созданию научных школ в этой области.

В РФ один раз в 2 года проводится конкурс на получение средств (грантов) для государственной поддержки ведущих Научных школ РФ. В конкурсах принимают участие и научные школы РБ.

В настоящее время в РБ созданы и работают признанные в России и за рубежом научные школы в областях наук:

• Нефтехимическое аппаратостроение — научный руководитель А. В. Бакиев^[3];
• Математическое моделирование нефтегазодобычи — научные руководители Р. Н. Бахтизин, М. М. Хасанов;
• Трубопроводный транспорт — научные руководители А. Г. Гумеров, А. М. Шаммазов;
• Прочность конструкций — научный руководитель В. С. Жернаков;
• Механика сплошных сред, теория взаимодействия конструкций с рабочими средами — М. А. Ильгамов;
• Многосвязные системы управления — Б. Г. Ильясов;
• Сверхпластичность металлов и сплавов — О. А. Кайбышев;
• Электромагнитная термодинамика дисперсных сред — Л. А. Ковалёва (Ф. Л. Саяхов);
• Масс-спектрометрия отрицательных ионов — О. Г. Хвостенко (В. И. Хвостенко);
• Физика, химия и механика поверхности — В. С. Мухин;
• Физико-химическая гидродинамика многофазных сред — В. Ш. Шагапов;
• Магнитные, магнитоупругие и магнитоэлектрические свойства твёрдых тел — Р. М. Вахитов (М. М. Фарзтдинов) и др.;
• Многомерный комплексный анализ — В. В. Напалков (А. Ф. Леонтьев).

• Химия и технология полимеров — С. В. Колесов (К. С. Минскер);
• Химия сераорганических соединений — Н. К. Ляпина (Р. Д. Оболенцев);
• Химия ацеталей — С. С. Злотский (Д. Л. Рахманкулов) и др.

• Рациональное использование и охрана водных ресурсов — Р. Ф. Абдрахманов;
• Прикладная геотермия — Р. А. Валиуллин (И. Л. Дворкин);
• Геотектоника — М. А. Камалетдинов;
• Комплексная переработка нефтей и нефтяных остатков — Э. Г. Теляшев, геодинамика Урала и сопредельных территорий — В. Н. Пучков и др.

• Детская офтальмология — М. Т. Азнабаев (Г. Х. Кудояров) (Уфимский научно-исследовательский институт глазных болезней);
• Экологическая и клиническая биохимия — Ф. Х. Камилов;
• Медицина труда и экология человека — Л. М. Карамова (Г. М. Мухаметова);
• Лекарства — Д. Н. Лазарева (И. А. Лерман);
• Диагностика и лечение рака — Ш. Х. Ганцев (Н. П. Ников);
• Сердечно-сосудистая хирургия — В. В. Плечев (Н. Г. Гатауллин);
• Диагностика наследственных болезней человека — Р. В. Магжанов;
• Диагностика и лечение геморрагической лихорадки — Д. Х. Хунафина, Р. М. Фазлыева;
• Регенеративная хирургия — Э. Р. Мулдашев;
• Иммунобиологические препараты — М. М. Алсынбаев, Е. В. Бобкова, Н. Н. Ворошилова, С. А. Еникеева, Р. Ш. Магазов, В. А. Стригин и др.

• Биотехнология растений — Р. Р. Ахметов;
• Фундаментальные закономерности и прикладные аспекты деятельности мозга человека — Л. Б. Калимуллина;
• Почвенная альгология — Р. Р. Кабиров;
• Лесоведение и индустриальная дендроэкология — А. Ю. Кулагин (Ю. З. Кулагин);
• Фитоценология — Б. М. Миркин, лесная популяционная генетика — Н. В. Старова;
• Молекулярная биология и генетика — Э. К. Хуснутдинова и др.

• Физиология сельскохозяйственных растений — Р. Х. Авзалов (П. Т. Тихонов);
• Технология возделывания зерновых культур и кормовых культур — Р. Р. Исмагилов, С. Н. Надежкин (С. А. Кунакбаев, В. Х. Хангильдин);
• Зоогигиена — Е. П. Дементьев (В. И. Мозжерин);
• Ветеринарные лекарственные препараты — А. Ф. Исмагилова;
• Патологическая анатомия, диагностика болезней животных — Е. Н. Сковородин;
• Системы земледелия в Башкортостане — З. З. Аюпов (Э. М. Рахимов);
• Гельминтология — Р. Г. Фазлаев (Х. В. Аюпов);
• Почвоведение Башкортостана — И. К. Хабиров, Ф. Х. Хазиев (С. Н. Тайчинов);
• Повышение продуктивности лесов Южного Урала — А. Ф. Хайретдинов и др.

• Экономико-математическое моделирование региональных социально-экономических процессов — Х. Н. Гизатуллин;
• Региональная экономика — М. Н. Исянбаев, К. Н. Юсупов;
• Экономическая теория — А. Х. Махмутов, В. К. Нусратуллин;
• Экономические отношения в сельскохозяйственном производстве — У. Г. Гусманов (М. И. Такумбетов);
• Аграрное право — Ф. М. Раянов и др.;
• Педагогика высшей школы — Раиль М. Асадуллин;
• Трудовая подготовка учащихся — К. Ш. Ахияров;
• Педагогическая культурология — В. Л. Бенин;
• Онтология и теория познания — Б. С. Галимов (Т. Г. Султангузин);
• Лингвокультурология — Л. Г. Саяхова;
• Теория и история башкирской литературы — Г. Б. Хусаинов (А. И. Харисов) (Институт истории, языка и литературы УНЦ РАН);
• Башкирский язык в системе урало-алтайских языков — М. В. Зайнуллин (Д. Г. Киекбаев);
• Текстология восточных рукописных и старопечатных книг — И. Г. Галяутдинов;
• Социальная структура общества — Н. А. Аитов, Ф. С. Файзуллин и др.

В Башкортостане грантополучателями Президента РФ^[4] являются ведущие научные школы: объёмные наноструктурные металлы и сплавы для инновационных применений — Р. З. Валиев, структурно-функциональная организация генов вирусов, растений и животных и микроорганизмов — В. А. Вахитов, катализ металлокомплексный в органическом и металлоорганическом синтезе — У. М. Джемилев, многомерный комплексный анализ — В. В. Напалков (А. Ф. Леонтьев), теплофизика и механика многофазных сред — Р. И. Нигматулин, биоорганическая химия — М. С. Юнусов (Г. А. Толстиков) и др.

• Ильгамов М. А., Саитова М. А. Академическая наука в Башкортостане //Вестник Академии наук Республики Башкортостан. 1999. Т.4. №2;
• Нигматуллин Р. И. 50 лет Уфимскому научному центру РАН и 10 лет Академия наук Республики Башкортостан: история, достижения, уроки //Там же. 2002. Т.7. №1.
• Научные школы БГПУ им. М. Акмуллы. Уфа: ИПК БГПУ, 2009. С.23-24.
• А. М. Шаммазов (Ред.), А. И. Спивак и др. Уфимский государственный технический университет: Сборник статей: К 50-летию УГНТУ. – М.: Недра, 1998. – 269 с.
• Азнабаев М. Т., Суркова В. Центр офтальмологической науки на Урале// журнал «Ватандаш». 2000. № 11.
• Вестник академии наук Башкортостана т. 7, 2002г.

• Научная школа

• Научные школы. Башкирская энциклопедия.
• Научная социологическая школа Башкортостана. Журнал Ватандаш.
• Видные деятели науки Башкортостана.... Научная школа почвоведения.