Ещё в середине XIX века правый берег Малой Невы был затопляемой территорией, на которой практически не велось строительства. Застройка этой местности началась лишь в 1871 году после осушения территории. Сначала был проложен современный проспект Добролюбова, а позже образовалась набережная.
Название Мытнинская набережная дано 15 мая1882 года, по Мытному двору (таможне), находившемуся между набережной и проспектом Добролюбова[1]. Интересной особенностью набережной было то, что она фактически начиналась и заканчивалась у одной и той же магистрали, огибая постройки Мытного двора. Набережная делилась ровно пополам Зоологическим переулком, в створе которого в 1894 году был построен Биржевой мост.
В 1957—1960 годах во время реконструкции Биржевого моста произошли изменения набережной. Мост был смещён с оси Зоологического переулка на 70 метров вниз по течению, после чего было засыпано прилегавшее к мосту мелководье, и на его месте образованы новые современные подъезды к мосту и предмостовая площадь. Таким образом, действующей осталась лишь западная часть набережной; восточная часть прежней набережной сохраняется по сей день, но только как местный проезд к домам.
В 2000-х годах восточный участок набережной был официально упразднён.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Ленинграда. — 3-е изд., испр. и доп. — Л.: Лениздат, 1985. — С. 250. — 511 с.
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 82. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.
Зодчие Санкт-Петербурга. XIX — начало XX века / сост. В. Г. Исаченко; ред. Ю. Артемьева, С. Прохватилова. — СПб.: Лениздат, 1998. — 1070 с. — ISBN 5-289-01586-8.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 5-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 2002. — 353 с. — ISBN 5-7711-0019-6.