В 1973 году поступил в аспирантуру Курганского сельскохозяйственного института, защитил кандидатскую диссертацию «Влияние кратности доения и кормления на молочную продуктивность и физиологическое состояние коров-первотёлок курганской породы» в Сибирском научно-исследовательском институте животноводства, г. Новосибирск.
После окончания аспирантуры работал в Курганском сельскохозяйственном институте младшим, старшим научным сотрудником, заведующим научно-исследовательской лаборатории, ассистентом, доцентом, заведующий кафедрой частной зоотехнии.
В 1990 году принят на должность доцента Кустанайского сельскохозяйственного института, в 1991 году избран деканом факультета.
В 2000 году защитил докторскую диссертацию «Кустанайская порода лошадей и методы её совершенствования» на заседании диссертационного совета в Московской сельскохозяйственной академии им. К. А. Тимирязева.
Опубликованы более 140 научных статей, методических пособий, рекомендаций производству, в т.ч. пять учебников и учебных пособий, один электронный учебник для студентов вузов по специальности «Зоотехния».
Гершун В. И., Муслимов Б. М. Ветеринарная гигиена : Учеб. для вузов по спец. «Ветеринария» и «Зоотехния». — Алматы: Кайнар, 1994. — 365 с.
Мурзагалиев К.Г., Муслимов Б.М., Байтенизов Ш.Н. Основы проектирования и строительства животноводческих предприятий. — Костанай, 1997. — 364 с.
Муслимов Б.М. Коневодство = Жылқы шаруашылғы (казах.). — Костанай, 2007. — 255 с.
Награды и звания
Благодарственное письмо президента Республики Казахстан
Знак «За развитие науки Республики Казахстан»
Звание «Отличник образования Республики Казахстан»
Звание «лучший преподаватель вуза Республики Казахстан»