Основная идея — раскрыть секреты создания анимационных фильмов, то есть, не только продемонстрировать предметы, имеющие отношение к истории анимационного кино, но и наглядно показать процесс создания рисованных и кукольных анимационных фильмов по этапам производства.
Музей ведет активную исследовательскую деятельность, при музее действует студия, осуществляющая производство анимационной продукции в технологиях кукольной, классической рисованной, и 3D-анимации.
Музей анимационного кино — единственное место, где можно свободно увидеть подлинную игровую куклу «Чебурашка»[источник не указан 1445 дней].
В рамках основной экспозиции музея действует магазин и мини-галерея художественной куклы, где представлены художественные и игровые куклы известных кукольных мастеров.
Выставочные проекты
Музей анимационного кино ведет активную выставочную деятельность на выставочных площадках Москвы и других городов России. Самые значимые проекты: выставка «100 лет анимации в России», персональная выставка Гарри Бардина «Гарри Бардин — 70 лет», выставка «А может быть, Ворона», посвященная творчеству А. Татарского и анимационной студии «Пилот».