C 6 ноября 2023 года музей закрыт для посетителей в связи с переездом в помещения бывшего здания фондовой биржи (Börshuset) на северной стороне площади Стурторьет в Гамла Стане.
Музей Средневековья появился в результате обширных археологических раскопок, проводившихся в 1978—1980 годах в связи с перестройкой здания Риксдага. Среди обнаруженного была часть городской стены, возведённой в 1530-х годах в правление Густава Васы, а также средневековый дом призрения, носивший название Дома Святого Духа (Helgeandshuset), от которое и произошло название острова.
Бо́льшая часть музея расположена ниже уровня земли, вход находится с террасы Стрёмпартере (Strömparterre) под мостом Норрбру.