К 1990 году объем торговли резко сократился, но на долю Чехословакии приходился 1 % общего импорта Монголии. Официально посольство Чехии в Улан-Баторе было открыто лишь в 1999 году[1]. В 2002 году чешское правительство подготовило проект по обеспечению водой жителей монгольского аймакаДундговь. В ходе проекта планировалось построить завод по очистке воды в столице аймака — городе Мандалгоби[2]. К 2005 году объём двусторонних отношений достиг 5 миллионов долларов.