Команда «Металлист» была основана в 1963 году при 13-м судоремонтном заводе благодаря усилиям начальника предприятия Михаилу Ивановичу Панасенко. Вопрос создания собственной заводской команды встал после ввода в эксплуатацию одноимённого стадиона. Команда была сформирована из работников завода. Так к примеру лучший бомбардир «Металлиста» за всю его историю Юрий Цуканов работал в цеху до пенсии[1].
Первым турниром «Металлиста» стало первенство Крыма среди команд второй группы, где севастопольские футболисты стали победителями и вышли в первую группу. Тренером команды в этот момент являлся мастер спорта СССР Алексей Степанович Ананьев. В 1964 году заводчане оформили золотой дубль — став чемпионами и обладателями Кубка Крыма. Данная победа позволила коллективу выступать в чемпионате Украинской ССР среди коллективов физкультуры. Финальный этап турнира состоялся в закарпатском Хусте, где севастопольцы заняли первое место, став чемпионами Украины. В следующем году «Металлист» вновь вышел в финальный этап первенства Украины, проводившемся на этот раз в городе Бучач Тернопольской области, где севастопольцы повторили прошлогодний результат и вновь стали чемпионами. К победам на всеукраинском первенстве севастопольцев привёл главный тренер Анатолий Александрович Захаров[1].
В дальнейшем команда ещё дважды выиграла чемпионат Крыма 1966 году и дважды становилась обладателем Кубка Крыма в 1966, 1967 годах. В следующий раз завоевать победу в кубке полуострова «Металлисту» удалось в 1975 году, когда на тренерский мостик вернулся Алексей Ананьев[1]. Кроме того в апреле 1975 года «Металлист» стал победителем Кубка Евпаторийского десанта[2]. В 1982 году под руководством Владимира Семёновича Голубева заводчане стали победителем чемпионата и Кубка Крыма. После этого ни одной севастопольской команде не удавалось в одном сезоне стать победителем крымского чемпионата и обладателем кубка полуострова. В дальнейшем команда играла во внутригородских и всекрымских соревнованиях, но значительных успехов не добивалась[1].
К моменту распада СССР у завода начались экономические трудности в связи с чем финансирование собственной футбольной команды прекратилось[1]. По словам игрока команды Николая Нежевенко расформирование «Металлиста» произошло в 1988 году[2].
