Маркос является воспитанником «Палмейраса», хотя перед тем, как прийти в школу этого клуба, он занимался также в «Ленсоенсе» и в «Коринтиансе». Дебютировал за основу «Палмейраса» в 1992 году в рамках чемпионата штата Сан-Паулу. Однако затем он на протяжении трёх лет продолжал выступать только за молодёжную команду[2]. В 1993 и 1994 годах Маркос был в заявке команды, выигравшей дважды подряд чемпионат Бразилии, и формально он также становился победителем этих турниров.
Маркос вернулся в основу лишь в 1996 году, тогда же он дебютировал в Серии A чемпионата Бразилии. Всего за год он принял участие в 17 матчах «Палмейраса». В следующие два сезона Марскос сыграл лишь в 22 матчах своей команды, выступая в качестве дублёра Велезо.
По словам Маркоса, в какой-то момент он даже хотел бросить футбол и устроился на работу барменом, однако возглавивший «Палмейрас» и в будущем сборную Бразилии тренер Луис Фелипе Сколари сумел его отговорить от завершения карьеры[3].
1999 год стал по-настоящему звёздным для Маркоса. Он стал твёрдым игроком основы и, более того, одним из лидеров команды. Маркос стал одним из героев «Палмейраса» в победной кампании в Кубке Либертадорес. В 1/4 финала турнира «Вердао» обыграли своих самых принципиальных соперников, «Коринтианс», в серии послематчевых пенальти 5:4, а Маркос отбил удар Вампеты. В финале «Палмейрас» также выиграл в серии пенальти 4:3 у колумбийского «Депортиво Кали».
В следующем году «Палмейрас» вновь дошёл до финала Кубка Либертадорес благодаря ещё одной победе в полуфинале над «Коринтиансом», и также в серии пенальти. В финале «Палмейрас» вновь участвовал в серии пенальти, но на этот раз верх одержала аргентинская «Бока Хуниорс».
В 2002 году, после победы в составе сборной Бразилии на чемпионате мира, английский «Арсенал» попытался приобрести Маркоса, но он отказался уходить из родной команды. Несмотря на вылет по итогам того года из Серии A, Маркос остался в команде, и помог в 2003 году выиграть Серию B и вернуться в элиту бразильского чемпионата.
В 2008 году, спустя 12 лет, Маркос выиграл Лигу Паулисту, и в том же году сыграл за «Палмейрас» 400-й матч в матче против «Васко да Гамы»[4]. За 20 лет профессиональной карьеры Маркос провёл 532 матча за «Палмейрас», в которых пропустил 681 мяч.
4 января 2012 года, в возрасте 38 лет, Маркос объявил о завершении карьеры футболиста[5].
В сборной
Маркос попал в заявку сборной Бразилии на Кубок Америки 1999 года, который бразильцы выиграли[3], но не сыграл там ни матча. В сборной Бразилии Маркос дебютировал 4 ноября 1999 года в товарищеском матче против сборной Испании. В том же году он сыграл на Кубке конфедераций 1999 года (2-е место), в 2001 году выступил на Кубке Америки (четвертьфинал), а в 2002 году стал с командой чемпионом мира в Японии и Корее, сыграв семь матчей и пропустив четыре мяча (четыре раза он провёл «сухие» матчи). Его последний турнир — Кубок конфедераций 2005 года, выигранный бразильцами.
В основе сборной Бразилии Маркус стал выходить чаще с сентября 2001 года, несмотря на наличие таких классных вратарей, как Дида и Рожерио Сени. Перед полуфиналом против Турции Маркус получил небольшое повреждение, но сумел восстановиться[3].
