После рукоположения в священника Марко Кризин вернулся в свою епархию Загреба, где он пробыл краткое время. Венгерский кардиналПетер Пазмань пригласил его в Венгрию руководить семинарией в Трнаве. Позже его также назначили аббатомбенедиктинскогомонастыря недалеко от Кошице. В то время Кошице был центром венгерского кальвинизма. Чтобы укрепить позиции Католической церкви мэр города пригласил двух иезуитов Штефана Понграца и Мельхиора Гродецкого проповедовать в городе католичество, что вызвало волнения среди кальвинистов. Марко Крижевчанин помогал иезуитам в их миссионерской деятельности. 13 июля 1619 года в Кошице произошло восстание кальвинистов. Командующий кальвинистской армии Юрий Ракоци взял Кошице, и 3 сентября 1619 года Марко Кризин и иезуиты были арестованы. Юрий Ракоци обещал священникам сохранить жизнь, если они откажутся от верности Католической Церкви и перейдут в кальвинизм. Священники остались верны католицизму и были подвергнуты пыткам и казнены.
