В 1978 году в Институте востоковедения АН СССР защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Ислам и официальная идеология Алжира (1965—1976 гг.)» (специальности 07.00.03 — всеобщая история (соответствующего периода))[3].
В 1979—1980 гг. советник экспедиции АН СССР в Ливии[2].
В 1995 году в Институте востоковедения РАН защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Феномен ислама в политической жизни СССР/СНГ» (специальность 09.00.06 — философия религии)[5].
В 2000—2006 гг. профессор Московского государственного института международных отношений МИД Российской Федерации (МГИМО)[2][4].
Малашенко А. В. Официальная идеология современного Алжира. — М.: Наука, 1983. — 136 с.
Малашенко А. В. Три города на севере Африки : Каир, Батна, Бенгази / А. В. Малашенко; Авт. послесл. Р. Г. Ланда; АН СССР, Ин-т востоковедения. — М.: Наука, 1986. — 105 с.
Малашенко А. В. Мусульманские страны. Религия и политика (70-80 гг.) : Сб. ст. / АН СССР, Ин-т востоковедения; Отв. ред. А. В. Малашенко, Й. Музикарж. — М.: Наука, 1991. — 183 с. — ISBN 5-02-017170-0.
Малашенко А. В., Музикарж Й. В поисках альтернативы : Араб. концепции путей развития / А. В. Малашенко; АН СССР, Ин-т востоковедения. — М.: Наука, 1991. — 209 с. — ISBN 5-02-017167-0.
Малашенко А. В. Мусульманский мир СНГ. — М., 1996. — 182 с. (в 1999 г. книга была переведена на арабский язык).
Малашенко А. В. Исламское возрождение в современной России. — М.: Московский Центр Карнеги, 1998. — 222 с.
Малашенко А. В. Ислам в СНГ / РАН. Ин-т востоковедения; Отв. ред. А. В. Малашенко. — М.: ИВ РАН, 1998. — 176 с. — ISBN 5-89282-082-3.
Malashenko A. V., Polonskaya L. R. The Soviet Union and the Muslim Nations. — New-Delhi, 1988.
Malashenko A. V. The Last Red August. — New York, 1993.
Malashenko A. V., Polonskaya L. R. Islam in Central Asia. — London: Garnet Publishing, 1994.
Научная редакция
Этнические и региональные конфликты в Евразии: В 3 кн. Кн. 1: Центральная Азия и Кавказ / Общ. ред.: А. Малашенко и др.. — М.: Весь мир, 1997. — 204 с. — ISBN 5-7777-0020-9.
Религия и государство в современной России / Под ред. М. Б. Олкотт, А. В. Малашенко. — М.: Московский центр Карнеги, 1997. — 119 с. — (Научные доклады / Моск. центр Карнеги; Вып. 18).
Ислам на постсоветском пространстве: взгляд изнутри / Под ред. М. Б. Олкотт, А. В. Малашенко. — М.: Арт-Бизнес-Центр, 2001. — 320 с. — ISBN 5-7287-0213-9.
Религия и глобализация на просторах Евразии: сборник / Моск. Центр Карнеги; под ред. А. В. Малашенко и С. Б. Филатова. — М.: Изд-во Неостром, 2005. — 342 с. — ISBN 5-86280-065-4.
Ислам в России : взгляд из регионов / науч. ред. А. В. Малашенко. — М.: Аспект Пресс, 2007. — 155 с. — (Межрегиональные исследования в общественных науках. МИОН / М-во образования и науки Российской Федерации, Ин-т им. Кеннана Центра Вудро Вильсона [и др.]). — ISBN 978-5-7567-0472-3.
↑Малашенко, Алексей Всеволодович. Ислам и официальная идеология Алжира (1965—1976 гг.): Автореф. дис. … канд. ист. наук : (07.00.03) / АН СССР. Ин-т востоковедения. — Москва : [б. и.], 1978. — 20 с.
↑Малашенко А. В. Феномен ислама в политической жизни СССР/СНГ: автореф. дис. … д-ра исторических наук : 09.00.06 / Ин-т востоковедения. — Москва, 1995. — 38 с.