Родился в селе Кожино (ныне — Кашинский район, Тверская область) в семье бояр Кожиных — Василия и Ирины. В 18 лет женился на Елене Яхонтовой, через три года после смерти супруги ушёл в Клобуковский монастырь города Кашина, где был пострижен с именем Макарий. Через несколько лет Макарий покинул монастырь и ушёл жить в пустынное место в 18 верстах от Кашина, где поставил себе келью посреди дремучего леса. Вскоре к нему присоединились семь старцев из Клобуковского монастыря. Вскоре на месте их общежития образовался Троицкий монастырь, который прославился ещё при жизни преподобного.
Скончался Макарий 17 марта 1483 года. Погребён в построенной им деревянной церкви. 26 мая 1521 года при ремонтных работах в храме был обнаружен гроб с телом Макария, в котором, по преданию, находились нетленные мощи святого. В 1547 году на церковном соборе был прославлен в лице святых. В 1700 году для мощей была изготовлена серебряная рака, в 1930-е годы, после закрытия монастыря, мощи Макария были перевезены в Тверь и впоследствии переданы в Троицкий собор.
Митрополит Виктор торжественно перенёс мощи преподобного Макария из Твери в Калязин, где они были положены в Вознесенский храм.
В 2008 году в Калязине был установлен и освящён бронзовый памятник Макарию Калязинскому, ставший достопримечательностью города. Автор памятника - народный художник России Евгений Андреевич Антонов.
Смирнова А. Е. Службы Макарию Калязинскому // Русская агиография: Исследования Публикации Полемика. — СПб., 2005. — С. 332—395
Гадалова Г. С.Сказание об обретении мощей преподобного Макария Калязинского: исследование и тексты // Русская агиография: Исследования. Материалы. Публикации. Том 2. — СПб.: Пушкинский Дом, 2011. — С. 43—75. — ISBN 978-5-91476-035-6.
Гадалова Г. С. Преподобный Макарий Калязинский : история почитания : исследование и тексты. — Москва : Индрик, 2020. — 919 с. — ISBN 978-5-91674-594-8. — 300 экз.
