Матчи были запланированы на дату, указанную для каждого раунда, который всегда проводился в субботу. Однако некоторые матчи могли быть перенесены на другие дни, если пересекались с играми других соревнований или из-за плохой погоды. Если первая игра завершалась вничью, то переигровка проходила на стадионе второй команды на следующей неделе. Если переигровка также заканчивалась вничью, то дальнейшие переигровки проводились до тех пор, пока не определялся победитель.
На этом этапе 43 клуба из Третьего Северного дивизиона футбольной лиги и Третьего Южного дивизиона встречались с 23 клубами не из Футбольной лиги, прошедшими квалификационные раунды. 34 матча были сыграны в субботу, 30 ноября 1946 года. Шесть матчей завершились вничью. Их переигровки прошли на следующей неделе.
44 клуба первого и второго дивизиона начали свое участие в соревновании с этого этапа, вместе с Честером, Кардифф Сити и Кристал Пэлас. Матчи были запланированы на субботу, 11 января 1947 года. Пять матчей потребовали переигровок, а один из них, повторной переигровки.
Полуфинальные матчи состоялись в субботу, 29 марта 1947 года. Матч Бернли и Ливерпуля потребовал переигровки, которая прошла через две недели и закончилась в пользу Бернли. Они и встретились с Чарльтоном в финале на "Уэмбли".
В 1947 году Кубок Англии в финальном матче на стадионе Уэмбли разыгрывали между собой Чарльтон и Бернли, 26 апреля 1947. Чарльтон, финалист прошлого года, выиграл 1:0, благодаря забитому в дополнительное время голу Криса Даффи.
В этом году повторилась история с лопнувшим мячом во время матча. Позже, причиной этих проблем в 1946 и 1947 годах было названо плохое качество кожи, доступной после Второй Мировой Войны.
