Родился около 1640 года в семье запорожца. Внук ногайца Кучук-бея, принявшего христианство и перешедшего на службу к Речи Посполитой.
Не отличаясь выдающимися способностями, смолоду был трудолюбив и прекрасно знал канцелярскую службу. В 1681 году был регентом войсковой канцелярии, в 1687 году — генеральным писарем и в этом звании скрепил сочинённый Мазепой донос на Самойловича. Мазепа, став гетманом, наградил Кочубея селами (в том числе — знаменитой Диканькой), дал ему в 1694 году достоинство генерального судьи, а в 1700 году исходатайствовал звание стольника.
В начале 1690-х Мазепа подавил восстание Петрика на юге. Лидер восстания-канцелярист Петро Иваненко (Петрик) был женат на племяннице генерального писаря Василия Кочубея. Возможно, это послужило истоком вражды между ними.
В 1704 году произошла любовная история гетмана Мазепы с 16-летней дочерью Кочубея Мотрей. Будучи вдовцом, Мазепа сватал её, но родители отказали, так как Мотря была его крестницей (что церковными законами приравнивалось к родительству). Когда она бежала к Мазепе, гетман возвратил девушку в дом её родителей неприкосновенной. Однако Мотря не захотела остаться с родителями и повторно ушла жить к пожилому возлюбленному.
В 1706 году гетман первому сообщил Кочубею о своих планах отторжения Гетманщины от Московского царства. В 1707 году Кочубей передал в Москву донос на словах через беглого монаха Никанора. Доносу не поверили, но за гетманом был учреждён негласный надзор.
В 1708 году был передан второй донос на гетмана через Петра Яценко. Ему снова не поверили и Мазепе сообщили об этом доносе.
Тогда Кочубей пригласил на совет полтавского полковника Искру и священника Святайлу и убедил их передать тот же донос царю через ахтырского полковника Осипова, который и передал новый донос царю Петру через киевского губернатора князя Д. М. Голицына.
Казнь
Пётр I не поверил доносчикам, так как считал Мазепу своим близким другом и соратником. Кочубей и Искра были схвачены и привезены в Витебск, где их встретили Головкин и Шафиров, назначенные для розыска. После жестоких пыток Кочубей был вынужден сказать, что оговорил гетмана по злобе.
Доносчиков дополнительно пытали, пытаясь узнать, где Кочубей хранит свои ценности, и приговорили за ложный донос к смертной казни. Их отправили в село Борщаговка под Белой Церковью, где стоял лагерь Мазепы. Там новый допрос учинил Филипп Орлик. 15 июля 1708 года Кочубею и Искре отрубили головы.
Вскоре после смерти Кочубея произошла измена Мазепы, о которой он предупреждал Петра I. Царь, раскаявшись в ошибке и называя Кочубея «мужем честным, славныя памяти», тогда же приказал возвратить жене и детям несчастливца конфискованные имения с прибавкой новых деревень. Тела Кочубея и Искры были перезахоронены царём в Киево-Печерской лавре возле трапезной церкви[2].
Окровавленная рубаха, в которой Кочубей был во время совершения казни, хранилась в Покровской церкви села Жуки Полтавской губернии, а сейчас находится в экспозиции «Уникальные предметы в собрании Полтавского краеведческого музея» Полтавского краеведческого музея[3].
Семья
Василий Кочубей был женат на Любови Фёдоровне (ум. 1722), дочери полтавского полковника Федора Ивановича Жученко, которая унаследовала после отца богатое полтавское село Жуки. Дети[4]:
В русской историографии Кочубей предстает трагической фигурой, жертвой политических интриг Мазепы против Петра I накануне измены. Под влиянием поэмы Пушкина образы Кочубея и Искры окружены ореолом мученичества в «борьбе за русскую идею» перед лицом изменников. Граф А. К. Толстой писал:
В апреле 1923 года памятник переделали в памятник героям Январского восстания 1918 г. рабочих завода «Арсенал» против Центральной Рады. Вместо статуй Кочубея и Искры наверх водружена пушка, участвовавшая в событиях. Памятник находится возле станции метро «Арсенальная».