Главным сочинением Котты считается «Опыт подробной церковной истории Нового Завета» (нем.Versuch einer ausführlichen Kirchenhistorie des neuen Testaments; Тюбинген, 1768—1773). Кроме того, важной работой Котты была подготовка переиздания «Основных истин теологии» (лат.Loci communes theologici) Иоганна Герхарда.