В 1565—1573 годах обучался в Саламанкском университете. В это время жил у дяди — каноника Нового собора Саламанки. Был рукоположен. После того, как Себастьян стал священником, его дядя оставил свой пост в пользу племянника.
Позже С. де Коваррубиас стал капелланом короля Испании Филиппа II, консультантом Конгрегации доктрины веры, каноником Кафедрального собора в Куэнка, должность эту занимал более 30 лет. В 1595 году был назначен апостольским комиссаром.
В 1610 году тяжело заболел, но выздоровел и занялся литературным творчеством. В 1610 году опубликовал книгу «Emblemas morales» («Моральные эмблемы»).
Наиболее известный труд С. де Коваррубиаса — первый словарь кастильского языка, насчитывающий около 11 000 словарных статей Tesoro de la lengua castellana o española («Сокровищница кастильского или испанского языка», 1611).
