В условиях боевой обстановки осуществлял организацию и методическое руководство гинекологической помощью на этапах медицинской эвакуации фронта в Белорусской, Варшавско-Познанской, Берлинской и других операциях.
Специалист в области акушерства и гинекологии. Автор более 50 научных работ. Исследовал технику гинекологических операций и медикаментозного обезболивания родов.
Научные труды
Клинические и экспериментальные данные к оценке эффективного метода возбуждения родовой деятельности [Текст]: монография для врачей; предисл. Мандельштам / Гос. центр, науч.-исслед. акушерско-гинеколог. ин-т НКЗ СССР. — Л.: Коминтерн, 1938. — 202 c.
Гормональная диагностика беременности [Текст] / Центр. ин-т акушерства и гинекологии М-ва здравоохранения СССР. — Л.: Тип. им. Урицкого, 1947. — 159 с.
↑Каплун Эммануил Моисеевич // Энциклопедия Криворожья : [укр.] : у 2 т. / Сост. В. Ф. Бухтияров. — Кривой Рог : Явва, 2005. — Т. 1. А—К. — С. 523. — 704 с. — 2600 экз. — ISBN 966-96328-1-1 (т. 1. А—К).
Каплун Эммануил Моисеевич // Энциклопедия Криворожья : [укр.] : у 2 т. / Сост. В. Ф. Бухтияров. — Кривой Рог : Явва, 2005. — Т. 1. А—К. — С. 523. — 704 с. — 2600 экз. — ISBN 966-96328-1-1 (т. 1. А—К).
Каплун Эммануил Моисеевич // Военные врачи — участники Великой Отечественной войны 1941—1945 гг. Краткий биографический справочник. Часть 2. / Санкт-Петербург, 1995. — 250 с. — С. 172.
Каплун Эммануил Моисеевич // Связь времён. Акушеры-гинекологи России за три столетия. Биографический справочник / Ю. В. Цвелев, Э. К. Айламазян, В. Ф. Беженарь. — СПб.: «Изд-во Н-Л», 2010. — 576 с. — С. 180. ISBN 978-5-94869-085-8.
Антипенко Н. А. Тыл фронта // Новый мир. — 1965 (август). — № 8. — 288 с. — С. 116—166.
Антипенко Н. А. На главном направлении (Воспоминания заместителя командующего фронтом) / М.: Наука, 1967. — [Каплун Э. М.] С. 240, 321, 323—325.