Член РКП(б) с 1918 года[2]. Участник Гражданской войны в России. В апреле 1918 года вступил в партизанский отряд под Изюмом, в том же году отряд влился в Красную Армию и вошёл в состав 12-го Украинского советского полка. С октября 1918 года был военным комендантом города Изюм, с ноября 1918 года — военным комиссаром 2-го Изюмского запасного стрелкового полка, с февраля 1919 года — помощником Изюмского уездного военного комиссара. С мая 1919 года воевал на Южном и Юго-Западном фронтах[3]: командир Изюмского ударного рабочего батальона 14-й армии, командир батальона 396-го стрелкового полка 41-й стрелковой дивизии, с июля 1919 командовал этим полком, затем командовал 123-й стрелковой бригадой. За время гражданской войны воевал против германо-австрийских оккупантов на Юге-Западе России, против гайдамаков и петлюровцев, против войск генерала А. И. Деникина и против польских войск.
Проявил себя очень отважным командиром, награждён орденом Красного Знамени, а к 10-летию РККА в 1928 году награждён вторым орденом Красного Знамени, к которому также был представлен во время гражданской войны.
С января 1921 года командовал 3-м и 195-м (с апреля) полками 41-й отдельной стрелковой бригады. Активно участвовал в борьбе с бандитизмом в Харьковской губернии. С августа 1921 года был помощником Изюмского военного комиссара, с декабря 1921 — Купянский уездный военный комиссар. С мая 1923 — помощник начальника мобилизационного отдела штаба Войск Украины и Крыма. С июня 1923 — Евпаторийский городской военный комиссар, с июля 1924 — опять Купянский уездный военный комиссар. С августа 1926 по ноябрь 1929 — военный комиссар Сумского округа.
27 февраля 1938 года комбриг Я. А. Ищенко был арестован в Киеве, где находился в командировке. Ему предъявили серию обвинений: организация антисоветского военного заговора, сотрудничество с украинскими националистами, незаконное расходование финансовых средств (зафиксированное во время пребывания Ищенко на должностях командира 89-го стрелкового полка 30-й стрелковой дивизии и 15-й стрелковой дивизии). Арест был совершён по доносу, написанному комдивомК. Д. Капуловским, начальником штаба 89-го стрелкового полка Евстигнеевым и помощником командира полка по материально-техническому обеспечению И. П. Бойко. Ищенко признал себя виновным в растрате средств, но не признал себя виновным в контрреволюционной деятельности[4]. 3 марта был уволен из РККА.
Ищенко содержался в тюрьме города Днепропетровск, на допросах указывал на документы и конкретные лица, которые опровергали его обвинения в контрреволюционной деятельности. Военный прокурор Харьковского военного округа бригвоенюристМ. Г. Грезов вынужден был снять обвинения в антисоветской деятельности, переквалифицировав обвинение в злоупотребление служебным положением, но 14 декабря 1939 года Я. А. Ищенко окончательно был освобождён постановлением особого отдела Харьковского военного округа (дело прекращено 8 декабря)[4]. Был восстановлен в кадрах РККА в конце января 1940 года, но ещё долго оставался без нового назначения.
С началом Великой Отечественной войны дивизия включена в состав 45-й армии и получила задачу прикрывать государственную границу с Турцией. С 25 сентября 1941 — начальник Управления формирования и укомплектования штаба Закавказского фронта. С февраля по апрель 1942 года временно исполнял должность начальника штаба Закавказского военного округа, затем стал заместителем командующего войсками округа, а позднее — помощником командующего войсками округа по военно-учебным заведениям, в мае — начальник оперативного управления и заместитель командующего войсками Закавказского фронта. С августа 1942 года занимал пост заместителя командующего 46-й армией по тылу — начальником тыла армии. С ноября 1942 года — заместитель командующего 2-й гвардейской армией по тылу — начальник тыла армии. С июля 1943 года — заместитель начальника тыла Степного фронта (с октября переименован в 2-й Украинский фронт)[1], одновременно в августе-ноябре 1943 года был начальником тыла 58-й армии. Затем был начальником штаба тыла Закавказского фронта до августа 1944 года.
В июне 1944 года направлен в Войско Польское, где произведён в генералы бригады. 8 августа 1944 года назначен Верховным командованием Войска Польского на должность начальника тыла Войска Польского. До 15 октября организовал Главную интендантскую службу Войска Польского[пол.], служил главным интендантом Народного Войска Польского[6]. В ноябре 1944 года по болезни освобождён от должности, лечился в госпитале в Тбилиси.
После войны
С февраля 1945 года генерал-майор Ищенко служил заместителем командующего Белорусским военным округом по материально-техническому обеспечению. С февраля 1946 года — заместитель командующего армией по тылу — начальник тыла 3-й армии Белорусского ВО. С июня 1947 года — помощник по материально-техническому обеспечению, а с января 1949 — заместитель начальника Артиллерийской академии имени Ф .Э. Дзержинского по снабжению — начальник материально-технического обеспечения. В запасе с октября 1952 года[4].
↑«За хорошую организацию работы армейского тыла и своевременного материально-технического обеспечения войск армии» во время боёв за Харьков и Сталинград.
Коллектив авторов. Великая Отечественная: Комдивы. Военный биографический словарь. Командиры стрелковых, горнострелковых дивизий, крымских, полярных, петрозаводских дивизий, дивизий ребольского направления, истребительных дивизий. (Ибянский — Печененко). — М.: Кучково поле, 2015. — Т. 4. — С. 80—82. — 330 экз. — ISBN 978-5-9950-0602-2.
Соловьев Д. Ю. Все генералы Сталина. Том 5. — М., 2019. — С.36-37.
На польском
Henryk Piotr Kosk. Generalicja polska. — Pruszków: Oficyna Wydawnicza «Ajaks», 1998. — Т. I.
Maciej Szczurowski. Dowódcy Wojska Polskiego na froncie wschodnim 1943-1945. Słownik biograficzny. — wyd. II uzupełnione. — Pruszków: Oficyna Wydawnicza «Ajaks», 1996. — ISBN 83-87103-08-X.
Edward Jan Nalepa. Oficerowie Armii Radzieckiej w Wojsku Polskim 1943-1968. — Warszawa: Wydawnictwo Bellona, 1995. — ISBN 83-11-08353-3.
Jakub Iszczenko. Organizacja i działania bojowe Ludowego Wojska Polskiego w latach 1943-1945. Wybór materiałów źródłowych. — Warszawa: Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej, 1958. — Т. I.
