Родился 8 марта 1923 года в селе Ленинск (ныне город Ленинск Волгоградской области). Русский.
Детство и юность провёл в селе Владимировка (ныне – город Ахтубинск Астраханской области). В 1940 году окончил 10 классов школы. В 1940-1941 годах работал учителем русского языка и литературы в средней школе в селе Владимировка.
В армии с сентября 1941 года. До ноября 1941 года обучался в Невинномысской военной авиационной школе лётчиков. В августе 1942 года окончил Житомирское военное пехотное училище, находившееся в эвакуации в городе Ворошиловск (ныне город Ставрополь).
Участник Великой Отечественной войны: в сентябре 1942 – августе 1943 – командир миномётного взвода учебного батальона 48-го (с марта 1943 – 214-го гвардейского) стрелкового полка и офицер связи при оперативном отделе 38-й стрелковой дивизии). Воевал на Сталинградском, Донском, Воронежском и Степном фронтах. Участвовал в Сталинградской битве, боях на белгородском направлении и Курской битве.
В августе 1943 – мае 1944 – помощник начальника штаба 214-го гвардейского стрелкового полка, в мае 1944 – мае 1945 – начальник штаба 209-го гвардейского стрелкового полка 73-й гвардейской стрелковой дивизии. Воевал на Степном, 2-и 3-м Украинских фронтах. Участвовал в Белгородско-Харьковской операции, битве за Днепр, боях на криворожском направлении, Березнеговато-Снигирёвской, Одесской и Ясско-Кишинёвской операциях, освобождении Румынии, Болгарии, Югославии, Венгрии и Австрии. 9 сентября 1943 года был ранен и до конца месяца находился в госпитале в городе Чугуев (Харьковская область, Украина).
Особо отличился при форсировании Дуная. В ночь на 20 октября 1944 года двумя батальонами осуществил форсирование Дуная в районе села Батина (община Драж, Осиецко-Бараньская жупания, Хорватия) и захватил плацдарм на западном берегу реки. В течение дня батальоны отражали непрерывные контратаки противника. В ночь на 21 октября 1944 года переправил на левый берег весь полк и удерживал плацдарм до подхода главных сил дивизии.
За мужество и героизм, проявленные в боях, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года гвардии майору Зайцеву Ивану Николаевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
До мая 1946 года продолжал службу в армии начальником штаба стрелкового полка (в Южной группе войск). В 1949 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. В 1950-1955 годах служил офицером, старшим инспектором, старшим офицером и начальником группы в Управлении мобилизационного планирования вооружения и оперативного тыла Генерального Штаба Советской Армии. С 1955 года – заместитель начальника и начальник отдела, в 1962-1964 гг. – заместитель начальника Управления планирования вооружения и военной техники Главного штаба Сухопутных войск. В 1964-1965 гг. – заместитель начальника 3-го Управления Генерального Штаба ВС СССР.
В 1967 году окончил Военную академию Генштаба. В 1967-1968 гг. – заместитель начальника штаба 7-й гвардейской армии. В 1968-1971 гг. – заместитель начальника Главного организационно-мобилизационного управления Генерального Штаба ВС СССР. С 1971 года – 1-й заместитель начальника организационного управления, а в 1981-1985 гг. – 1-й заместитель начальника 2-го управления в Главном организационно-мобилизационном управлении Генерального Штаба ВС СССР. В 1985-1987 гг. – заместитель начальника 2-го управления 50-го Центра оперативно-стратегических исследований Генерального Штаба ВС СССР. С мая 1987 года генерал-лейтенант Зайцев – в запасе.
На фасаде здания школы №2 Ахтубинского района, в которой учился и преподавал Зайцев Иван Николаевич[2], установлена памятная доска.
9 мая 2015 года в день празднования 70-й годовщины Победы в Великой Отечественной войне в городе Ахтубинске Астраханской области были воздвигнуты восемь стел Ахтубинским Героям Советского Союза, в числе которых Зайцев Иван Николаевич[3].
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.
Бондаренко А. С., Бородин А. М. и др.Иван Николаевич Зайцев // Герои-Волгоградцы / Вст. А. С. Чуянов. — Волгоград: Нижне-Волжское книжное издательство, 1967. — С. 149. — 471 с. — 25 000 экз.