С начала Великой Отечественной войны генерал-майор В. А. Зайцев в той же должности. С 19 июля 1941 года и до конца войны — командующий 35-й армией того же фронта, сформированной на базе 18-го стрелкового корпуса. В ходе войны она выполняла задачу по обороне государственной границы СССР в Приморье. В этот период В. А. Зайцев постоянно проявлял высокую ответственность за боевую готовность подчинённых ему войск армии и воспитание личного состава в духе высокой воинской дисциплины; следил за проведением оперативно-боевой и политической подготовки войск и штабов. Под его руководством осуществлялись плановые работы по оборудованию театра военных действий. Основными функциями командования армией являлись организация учебных занятий максимально приближенных к условиям боя, в соответствии с поставленными командованием задачами. С 1 мая1945 года армия входила в Приморскую группу войск, преобразованную 5 августа в 1-й Дальневосточный фронт.
В июне 1945 года, при подготовке к боевым действиям против японской Квантунской армии, на должность командующего армией был назначен имеющий большой боевой опыт генерал Н. Д. Захватаев, а В. А. Зайцев стал его заместителем.
В. А. Зайцев участвовал в советско-японской войне заместителем командующего 35-й армией, которая успешно действовала в Харбино-Гиринской наступательной операции. С началом боевых действий (с 9 августа до 2 сентября) её войска при содействии кораблей Амурской военной флотилии форсировали реки Уссури и Сунгача и, окружив гарнизоны долговременных огневых сооружений Хутоуского укреплённого района, освободили город Хулинь, а затем содействовали овладению городами Мишань и Дунань. В дальнейшем армия преодолела хребет Кэнтей-Алин и захватила город Боли, блокировав в районе Муданьцзян японские части в беспорядке отступавшие на юг. В последующем В. А. Зайцев участвовал в разоружении капитулировавших японских войск. «За период боевых действий генерал-лейтенант В. А. Зайцев проявил себя мужественным и решительным командиром», — подчёркивалось в наградном листе. За умелую организацию и точное выполнение поставленных боевых задач, за личную отвагу, мужество и героизм В. А. Зайцев был награждён орденом Красного Знамени.
↑Коллектив авторов. Великая Отечественная. Командармы. Военный биографический словарь / Под общей ред. М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2005. — С. 78. — ISBN 5-86090-113-5.
Коллектив авторов. Великая Отечественная. Командармы. Военный биографический словарь / Под общей ред. М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2005. — С. 77—78. — ISBN 5-86090-113-5.
Соловьев Д. Ю. Все генералы Сталина. Том 5. — М., 2019. — С.10-11.