С 1 января 2015 года, в соответствии с постановлением УЕФА от 4 декабря 2014 года, футбольным клубам Крыма было запрещено участвовать в соревнованиях Российского футбольного союза. С целью развития профессионального футбола на полуострове УЕФА приняло решение проводить на этой территории собственный чемпионат среди профессиональных клубов[1]. Новый чемпионат Крыма стартует 22 августа 2015 года. Для определения его участников был проведён Всекрымский турнир, призванный заполнить полугодичную паузу в крымском футболе[2] и стать подготовительным этапом перед стартом Премьер-лиги Крыма 2015/16[3][4].
Для участия во Всекрымском турниреРоман Тихончук депутат Евпаторийского городского совета и по совместительству президент заозёрненского «Сталкера», выигрывавшего в Евпатории практически все трофеи и участвовавшего в чемпионате Крыма, принял решение отказаться от своего детища под названием «Сталкер» и на его базе собрать команду, которая бы пиарила город-курорт и состояла из местных игроков. В связи с этим новый клуб Тихончука получил название «Евпатория»[5][6] и стал базироваться на территории спорткомплекса «Арена-Крым»[7]. Первую игру во Всекрымском турнире «Евпатория» провела 18 апреля 2015 года против другого евпаторийского клуба — «Беркут». Матч завершился победой «Беркута» (6:4). По итогам турнира «Евпатория» под руководством главного тренера Романа Рожанского проиграла все 9 игр, команда пропустила 43 гола, забив при этом всего 9 мячей.
По итогам этого соревнования были выбраны 8 команд, сформировавшие Премьер-лигу Крыма. Главным принципом составления крымского чемпионата был — «один город — одна команда». Руководство КФС, несмотря на плохие результаты клуба во Всекрымском турнире, отдало единственную путёвку от города в новый чемпионат именно ФК «Евпатория», в связи с чем евпаторийский «Беркут», занявший в первенстве 5-е место, переехал в Армянск. Впоследствии выяснилось, что в главном турнире республики под вывеской ФК «Евпатория» должны были играть совсем другие футболисты, не те местные игроки, что проиграли все матчи во всекрымском футбольном первенстве[8].
20 июня 2015 года обновлённая «Евпатория» провела товарищескую игру против хабаровской «СКА-Энергии». Встреча закончилась с ничейным счётом (2:2)[9].
1 июля 2015 года «Евпатория» сыграла две товарищеские игры против астаханского «Волгаря». Обе встречи закончились поражением крымчан (0:5) и (0:3)[12]. В июле 2015 года главным тренером стал Вячеслав Беляев[13]. На должность генерального директора клуба был приглашён Александр Гудим, а спортивным директором стал Александр Яцун[6].
22 июля 2015 года команда начала подготовку к новому сезону[6]. Во время летних сборов команда провела три товарищеские игры. Евпаторийцы сыграли против севастопольского СКЧФ (1:2)[14], керченского «Океана» (2:0)[15] и «Бахчисарая» (0:1)[16]. 4 августа 2015 года компания Puma стала техническим партнёром евпаторийцев[17]. 17 августа 2015 года «Евпатория» первой из команд Премьер-лиги Крыма заявилась на сезон, включив в свою заявку 18 игроков[18]. 3 августа 2015 года команда дебютировала в Премьер-лиге Крыма в матче против армянского «Беркута», который завершился поражением евпаториейцев (1:2). Капитаном команды стал Иван Войтенко, а автором первого гола «Евпатории» в первенстве Крыма стал Дмитрий Матвиенко, который также стал лучшим правым защитником 1 тура[19][20].
14 июля 2022 года было объявлено о том, что «Евпатория» не примет участие в сезоне 2022/23 в связи с финансовыми трудностями[21].
Стадион
Спортивный комплекс «Арена Крым» основан в 2010 году в Евпатории возле Мойнакского озера. В следующем году было получено разрешение на постройку в четырёх гектарах земли спорткомплекса. На данный момент он насчитывает три стандартных футбольных поля и два мини-поля. На «Арене Крым» есть два натуральных поля и одно с искусственным покрытием. В 2013 году было начато строительство трибун и подтрибунных помещений, в которых находится 12 раздевалок. Стадион «Арена Крым» вмещает 2000 человек[22]. Арена была построена на средства Норильского никеля за 100 млн рублей[7].