Территория современных Дубёнок до середины XVII века была заселена татарами: здесь находилось несколько их деревушек. С переселением татар на новые места жительства здесь образуется ничейная земля — Ногаевская пустошь, по имени последней татарской деревушки. Эти земли пустовали недолго. В Переписной книге «мордовских селений Алатырского уезда 1671 года» говорится, что «мордва деревни Дубенки выставлялись на новые поля в Верхосурский стан и живут на Ногаевской пустоши».
Переселился сюда род Сайнека Найманова из деревни Дубёнки, что на Соласлейке (ныне территория Ичалковского района). Такое же название с добавкой «новые» дали поселенцы и своей деревне. Вскоре они послали челобитную царю Алексею Михайловичу, чтобы за ними была закреплена Ногаевская пустошь. 25 августа1668 года «по указу Великого государя и Великого князя Алексея Михайловича по мордовскому челобитью подьячий Иван Супонев отписал Ногаевскую землю и отказал дубенской мордве Сайнеку Найманову со товарищи».
Впоследствии старожилы села убрали слово «новые» и своё село стали называть Дубёнками, а 1668 год стал официальным годом основания Дубёнок.
Наличие записей в писцовых книгах, согласно царскому указу от 25 августа 1668 года, помогло дубенцам выиграть борьбу за Ногаевскую пустошь. В 1693 году князь Ф. Плещеев, чьи поместья были в Чеберчине и окрестных селах (в дальнейшем будут принадлежать роду Румянцевых), со своими людьми приехал в Дубенки и зачитал челобитную, в которой якобы говорилось, что Ногаевская пустошь отныне принадлежит ему, и они, мордва, поселились сюда напрасно. Дубенцы не поверили своему гостю. На другой же день они послали Волотку Миронова в Алатырскую приказную избу с «выписями» своих земель, отведённых им 25 августа 1668 года.
По распоряжению стольника и воеводы К. П. Сомова была проведена проверка жалобы дубенцев согласно межевым писцовым книгам. В этой проверке участвовали и жители окрестных деревень Ардатово, Сыресево, Турдаково, Сабанчеево. Были восстановлены границы дубенских земель и составлена «Выпись 1694 года мордовской деревни Дубёнки на Ногаевскую пустошь бывших Буртасских деревень», в которой было записано: «И по указу Великих Государей и по сей выписи им дубенской мордве Волотке Миронову со товарищи той землёю и сьяными покоси по выше писаним урочищам впредь владеть и всякие Великих Государей подати платить с Алатарскою мордвою вмъсть. На подлинней по склейкомъ приписаю: Кирилла Сомов, справил Прошка Фурсов».
Так дубенцы остались «хозяевами» Ногаевской пустоши, неся за царскую милость тяжёлое бремя денежного оброка и повинностей.
В середине XIX века село насчитывало ок. 3000 жителей[3].
С 1864 года село Дубёнки — центр Дубенско-Поводимовской волости.
В 1879 году прихожанами села был построен деревянный храм с двумя престолами: во имя живоначальной Троицы и во имя Святителя и Чудотворца Николая. В советское время здесь расположился цех Саранского телевизионного завода.
В том же 1879 году в Дубёнках открыта земская школа с трёхклассным курсом обучения. Первый учитель был выходец из крестьян, энтузиаст своего дела Василий Степанович Строганов. Он уделял много внимания разведению школьного сада, работе с родителями, учениками. Одиннадцать своих детей и десятки его воспитанников, стали учителями.
В начале XX века — в селе проживало более 3100 жителей[3].
В честь 100-летия победы русского народа в Отечественной войне 1812 года дубёнцы посадили за околицей села тополёвую аллею, которая ныне находится на Центральной улице.
В марте 1918 года здесь организован Совет рабочих и крестьянских депутатов во главе с бедняком М. С. Кимкиным. Комитет бедноты возглавил батрак Ф. И. Малкин. В апреле 1918 года здесь состоялся первый волостной съезд Советов, провозгласивший Советскую власть.
С 1928 года Дубёнки — центр Дубёнско-Поводимовского, затем Дубёнского района.
В 1928 году в селе из 13 бедняцких хозяйств организуется колхоз «Память Ленина». Ныне это колхоз «Большевик», оснащённый техникой, специалистами, хорошей базой. Хозяйство многоотраслевое, развиты отрасли животноводства и растениеводства. Неплохо решаются социальные вопросы: жильё, дороги, детский сад, магазин, личное подворье.
В 1931 году здесь создана машинно-тракторная станция, ныне ремонтно-техническое предприятие. Из других промышленных предприятий и строительно-бытовых организаций: типография, масло дельный завод «Дубенский», дорожно-ремонтное: строительное управление, кирпичный завод, два С ремонтно-строительных участка, райбытуправление, районное потребительское общество, хлебокомбинат.
С 1966 года застраивается микрорайон из двухэтажных жилых зданий, в котором имеется 2 детских сада, аптека.
В 1977 году основано ПУ № 12. На 1 сентября 1992 года училище подготовило для района более тысячи специалистов — шофёров, механизаторов, слесарей.
В 1966 году заложен районный парк культуры и отдыха, в 1985 году — парк-сквер возле памятника павшим дубёнцам в годы Великой Отечественной войны в честь 40-летия победы советского народа.
В послевоенное время территория Дубёнок расширилась. Колхозом «Большевик» возведены целые посёлки для своих работников. Много жилья построило дорожное ремонтно-строительное управление, ремонтно-техническое предприятие и другие учреждения и организации.
16 января 2010 года в Дубёнсках открылось новое здание управления Пенсионного фонда[4].
В районе действует ООО «Агрофирма Юбилейная», занимающаяся производством молочной и кисломолочной продукции. В посёлке Морга в 2009 году открылся мощный современный свинокомплекс ООО «Моргинское» (выращивание, откорм и селекция свиней беконной породы).
Инфраструктура
Средняя школа в Дубенках, из стен которой вышли десятки тысяч человек, среди них Герой Советского Союза А. А. Денисов, Герои Социалистического труда Д. Ф. Климкин, Н. М. Суродеев и А. Е. Каргин, доктор философских наук Г. И. Рузавин.
Из культурно-просветительских учреждений: филиал республиканского краеведческого музея, кинотеатр «Маяк», две библиотеки, районный Дом культуры, стадион, спортивные площадки. Население обслуживает районная больница с поликлиникой и отделением скорой помощи.
В селе памятник павшим воинам-односельчанам в годы Великой Отечественной войны. Четыре улицы носят имена Героев Советского Союза, уроженцев района: А. А. Денисова, А. А. Манина, Н. М. Бровцева, М. С. Жадейкина. Учительница школы К. Н. Вертьянова — автор нескольких учебников для учащихся начальных классов.
Из археологических памятников: могильник XVII века в местности «Колмонь потмо», недалеко от него селище с керамикой типа срубной культуры (эпоха бронзы).