До 1951 года Михаил Петрович продолжал трудиться в Секторе государства и права, но в 1952 году перешёл на работу в Харьковский юридический институт (до 1957 года — им. Л. М. Кагановича, с 1977 года — им. Ф. Э. Дзержинского), где сначала был преподавателем, а затем доцентом[1] кафедры уголовного процесса[9]. Помимо преподавательской и научной деятельности занимался административной работой, некоторое время он был заведующим экстерната и учебной части в вузе, а после реорганизации 10 сентября 1956 года заочного отделения в заочный факультет стал его первым деканом (по другим данным занял эту должность в 1957 году[1][2]). Продолжал возглавлять факультет вплоть до 1984 года[10].
Михаил Петрович Диденко скончался 24 января 1989 года в Харькове[1][2].
Среди научных трудов написанных М. П. Диденко, важнейшими являются[1][2]:
Діденко М. П. Відновлення, організація та діяльність радянської судової системи в УРСР після разгрому Денікина // Питання історії держави і права Української РСР. — Киев: Вид-во АН УРСР, 1952. — Т. 1. — С. 91—143.
Диденко М. П. Судоустройство в УССР в первой половине 1919 г. // Сборник по истории советского государства и права УССР. — Харьков: Изд-во Харьк. гос. ун-та, 1954. — С. 49—81.
Диденко М. П. О гражданском иске в советском уголовном процессе // Ученые записки. — Харьков: Харьк. юрид. ин-т, 1957. — Вып. 9. — С. 61—67.
Диденко М. П. О гражданском ответчике в советском уголовном процессе // Советская юстиция. — 1957. — № 6. — С. 34—35.
Диденко М. П. Создание советского суда в УССР // Ученые записки. — Харьков: Харьк. юрид. ин-т, 1957. — Т. 11, вып. 2. — С. 34—65.
↑Наукові дослідження, здійснені під керівництвом М. М. Гродзинського // Гродзинський Моріц Маркович, 1887–1962 : персон. бібліогр. покажч. (укр.) / Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого, Каф. кримін. процесу, Наук. б-ка; [уклад.: О. В. Капліна, О. І. Самофал ; відп. за вип. Н. П. Пасмор]. — Харків, 2017. — С. 24—25. — 33 с. — (Представники харківської правової школи; вип. 3).
Панов М.Діденко Михайло Петрович // Міжнародна поліцейська енциклопедія: У 10 т. (укр.) / Відп. редактори Є. М. Моісеєв, В. Я. Тацій, Ю. С. Шемшученко. — Киев: Атіка, 2009. — Т. V. Кримінально-процесуальна та криміналістична діяльність поліцейських організацій. — С. 147. — 1008 с. — ISBN 978-966-326-333-5.