В 1999 в Кишинёве был создан новый футбольный клуб, к формированию которого приступили Марин Левадару, Игорь Урсаки, Валерий Плужник, Александр Шкаруба. В команду были привлечены вратарь Геннадий Гарюк, полевые игроки Александр Голбан, Корнел Попов, Руслан Рашку, Сергей Кощуг, Корнел Гафтон, Вячеслав Титов, Александр Тракалов и другие.
Местом тренировок новой команды была избрана площадка школы футбола в кишинёвском микрорайоне Рышкановка. В сезоне 2000/01 «Дачия» заняла 4-е место в Дивизионе «А», а в сезоне 2001/02 заняла первое место, что позволило команде на следующий год выступать в Национальном Дивизионе.
2002—2014
В дебютном матче высшей лиги Молдавии «Дачия» благодаря голу Михаила Яворского обыграла «Нистру» (Атаки) со счётом 1:0. В дебютном сезоне команда заняла 4-е место в чемпионате. В Кубке Интертото 2003 команда «Дачия» прошла два круга, уступив в третьем немецкому клубу «Шальке 04». В сезоне 2003/04 команда заняла пятое место в чемпионате, а уже на следующий год «Дачия» стала бронзовым призёром чемпионата страны и финалистом Кубка Молдавии, в финале которого уступила атакскому «Нистру». В Кубке УЕФА 2005/06 клуб в первом раунде проиграл «Вадуцу» из Лихтенштейна, выступавшему во второй лиге чемпионата Швейцарии. В сезоне 2005/06 «Дачия» заняла шестое место в чемпионате, а в Кубке Молдавии уступила в полуфинале команде всё тому же «Нистру» из Атак. В феврале 2006 года «Дачия» выиграла Кубок Президента Туркмении. В сезоне 2006/07 «Дачия» заняла четвёртое место в чемпионате, получив право играть в Кубке Интертото 2007, где команда снова прошла 2 круга, а в 3-м уступила «Гамбургу». В сезоне 2007/08 команда стала серебряным призёром национального чемпионата. В Кубке УЕФА 2008/09 «Дачия» в первом раунде уступила клубу «Борац». В сезоне 2008/09 кишинёвский клуб стал серебряным призёром национального чемпионата и финалистом Кубка страны. В Лиге Европы 2009/10 «Дачия» уступила во втором квалификационном раунде словацкому клубу «Жилина». В сезоне 2009/10 «Дачия» заняла пятое место в чемпионате и стала финалистом кубка страны. В Лиге Европы 2010/11 команда обыграла в первом квалификационном раунде черногорскую «Зету», а во втором уступила шведскому «Кальмару». В сезоне 2010/11 «Дачия» стала чемпионом Молдавии, прервав многолетнюю гегемонию тираспольского «Шерифа».
2015—2017
В апреле 2015 года команду снова возглавил российский тренер Игорь Добровольский, до этого работавший в команде и приводивший «Дачию» к золотым медалями чемпионата[1]. По итогам сезона кишинёвская команда заняла второе место[2]. 24 мая в финальной матче Кубка Молдавии «Дачия» со счётом 2:3 уступила тираспольскому «Шерифу»[3]. В первом квалификационном раунде Лиги Европы 2015/16 команда встретилась с македонским клубом «Ренова», игру на выезде «Даки» выиграли со счётом 0:1[4]. В домашнем матче «Дачия» победила со счетом 4:1, во втором квалификационном раунде Лиги Европы 2015/16 команда встречалась со словацкой «Жилиной», домашний матч кишинёвский клуб проиграл со счётом 1:2[5]. После 2 тура национального дивизиона 2015/16 Игорь Добровольский ушел из клуба, а исполняющим обязанности главного тренера был назначен Вячеслав Семёнов[6]. 29 мая в 20:00 на стадионе «Зимбру» впервые в истории Молдавии прошел «Золотой матч», в котором номинальным хозяином был «Шериф», а гостем «Дачия». Причиной данной игры стало одинаково набранное количество очков в турнирной таблице[7]. Итогом встречи стала победа тираспольчан со счётом 1:0, единственный гол забил Горан Галешич[8]. В первом квалификационном раунде Лиги Европы 2016/17 кишиневский клуб встречался с азербайджанской командой «Кяпаз». Игра в гостях закончилась вничью — 0:0[9]. В следующем сезона судьба золотых медалей чемпионата снова решалась в золотом матче, где Даки проиграли в серии пенальти 3:0 и получили серебро[10].
В январе 2018 года главным тренером вновь стал Игорь Добровольский[11][12]. В сезоне 2018 года команда отказалась играть в высшей лиге чемпионата[13][14]. Резервная команда «Дачия-Буюкань[англ.]» сохранилась и играла в Дивизионе «Б», а в 2020 году дебютировала в высшем дивизионе.
Результаты выступлений
Матч чемпионата Молдавии между «Зимбру» и «Дачией»
.svg){kind=small}
