Крепость воздвигнута в X веке[2]. Легенда приписывает её основание князю Кроку, отцу княгини Либуше. Традиционно считается одним из первых центров чешского государства, также как Пражский Град на другом берегу (ср. город и Вышгород в Киеве, Детинец и Рюриково городище в Новгороде и другие подобные «двойные системы» в славянских городах).
По существующему преданию, именно здесь легендарная княжна Либуше предсказала расцвет и мировую славу чешской столице — Праге.
В XIV векеКарл IV решил, что Прага станет резиденцией императоров Священной Римской империи. Это был исключительный случай, так как до этого императоры не имели постоянной резиденции. Так можно объяснить большие масштабы градостроительных работ в Праге. В 1348 году он издал указ о заложении Нове-Места. Как потомок Пржемысловичей он попытался возродить славу Вышеграда. Карл IV реконструировал Королевский дворец, возвел новые крепостные укрепления, соединив их с построенным им Нове-Местом. По его указанию главный подход к Праге с юга теперь вел через Вышеград. Была полностью перестроена церковь св. Петра и Павла — на месте снесенной старой базилики началось строительство нового собора в готическом стиле. В эпоху Карла IV именно из Вышеграда начиналось коронационное шествие чешских королей и продолжалось далее по Нове-Месту, Старе-Месту и Мала-Стране, ведя в Пражский Град. В «Коронационном кодексе чешских королей» Карл IV определил, что каждый правитель накануне своей коронации должен поклониться в Вышеграде их общему предку — Пржемыслу-Пахарю, основателю династии Пржемысловичей. Здесь хранились принадлежавшие Пахарю сума и лыковые башмаки — символы королевского рода. Таким образом, короли (теперь уже из династии Люксембургов) должны были помнить о простом происхождении их далекого предка.
После смерти Карла IV строительство в Вышеграде почти прекратилось. Бывалой славы он уже не обретет никогда. В дальнейшем Вышеград развивается скорее как военная крепость, чем город. В период Гуситских войн (1420 год) Вышеград сильно пострадал и опустел.
В XVII веке Вышеград был отстроен в форме барочной крепости с мощными кирпичными стенами. В 1866 году крепость была закрыта. После закрытия военной крепости старинное кладбище вышеградского капитула по инициативе патриотически настроенных пробстов Вацлава Штульца и Микулаша Карлаха было превращено в Национальное кладбище — место погребения выдающихся представителей чешского народа. Здесь находятся могилы более чем 600 известных деятелей национальной культуры, в том числе писателя Карела Чапека и его жены, актрисы и писательницы Ольги Шайнпфлюговой, композиторов Антонина Дворжака и Бедржиха Сметаны. Художественно оформленные надгробия образуют галерею мемориальной скульптуры. Частью кладбища является также мавзолей Славин, построенный в 1893 году. В нём погребено более 50 выдающихся личностей. Кладбище представляет собой гармоничное художественное целое, знаменательный национальный памятник древней и современной чешской истории.
В 1883 году Вышеград был присоединен к Праге, с тех пор является одним из её административных районов.
