Чемпионат Украины по футболу во второй лиге 2012/2013 проводится в два этапа[1]. На первом этапе команды, разделённые на две группы (А и Б), проводили турнир в два круга по круговой системе. По итогам первого этапа проводилось разделение команд в каждой из групп: в группы 1 и 2 вошли команды, занявшие места с первого по шестое в турнирной таблице групп А и Б соответственно, в группы 3 и 4 вошли команды, занявшие места с седьмого и ниже в турнирной таблице групп А и Б соответственно. Ко второму этапу чемпионата команды перешли со всеми очками, набранными на первом этапе.
На втором этапе команды, разделенные на четыре группы, проводили турнир в два круга по круговой системе. Места команд на втором этапе определялись по сумме очков, набранных в течение первого и второго этапов чемпионата.
Победители групп 1 и 2 повышались в классе. Команды, которые по итогам второго этапа занимали вторые места в группах 1 и 2, участвовали в стыковых матчах за право играть в Первой лиге с командами, занявшими 15-е и 16-е места в Первой лиге. Последние четыре команды из групп 3 и 4 выбывали из соревнований.
Для определения чемпиона второй лиги проводились дополнительные матчи между командами-победительницами групп 1 и 2. Победитель определяется по сумме двух матчей. Бронзовыми призерами Второй лиги стали команды, занявшие вторые места в группах 1 и 2.
На втором этапе команды делятся на четыре группы по итогам первого этапа и проводят турнир в два круга по круговой системе.
Команды «Еднисть», «Оболонь-2» и «СКА» снялись после первого этапа, и в группе 3 осталось две команды, поэтому формат соревнований был изменен. Согласно решению Исполкома ФФУ № 2 от 3 апреля 2013 команды «Энергия» и «Жемчужина» переведены из группы 4 к группе 3. Также были внесены изменения в Регламент соревнований, согласно которым очки, набранные на первом этапе командами группы 3, не учитываются, а места будут определяться по сумме очков, набранных только на втором этапе. Команды группы 1, 2 и 4 переходят ко второму этапу чемпионата со всеми очками, набранными на первом этапе. Также приостановлено действие пункта 17 статьи 13 о вылете команд из второй лиги.
Победители каждой из групп встретятся для определения чемпиона Второй лиги в двух матчах, дома и на выезде[2].
Первый матч состоится 12 июня, ответный — 16 июня2013 года[3].
Вторые места групп 1 (Нива) и 2 (Шахтёр), встретятся в стыковых матчах с командами, занявшими 15 и 16 места в Первой лиге — Динамо-2 и ФК «Одесса» соответственно и сыграют между собой два матча — дома и на выезде. Первые матчи состоятся 12 июня, ответные — 16 июня2013 года[4].