Создан в 1932 году как Центральный научно-исследовательский институт прудового рыбного хозяйства (ЦНИИПРХ). В 1934 году переименован во Всесоюзный, затем в 1936 году во Всероссийский научно-исследовательский институт прудового рыбного хозяйства (ВНИИПРХ). В 1996 году из прудового был переименован в институт пресноводного рыбного хозяйства. В конце XX века в институте создан единственный в России криобанк половых продуктов, где хранится значительная коллекция геномов редких и исчезающих ценных рыб.
ВНИИПРХ имеет статус федерального государственного унитарного предприятия, которое включает: собственно сам институт с несколькими научными лабораториями, экспериментально-производственную базу (в том числе племенной и комбикормовый заводы) и Конаковский филиал (завод по осетроводству). Институт является членом Международного совета по научно-техническому сотрудничеству в области исследований водных ресурсов и аквакультуры, а также членом сотрудничества Сети центров по аквакультуре в Центральной и Восточной Европе.
Современные проблемы аквакультуры/Сборник научных трудов.- 1997 г. - Вып. 73 С. 4-11, УДК 639.3/6:001.891
Е.В. Мейснер. История ВНИИПРХа с основания (1932 г.) до переезда на Якоть (1962 г.) - М.- 2005г. - 71 с. ISBN 5-364-00047-8
Е.И. Хованский. Всероссийский научно-исследовательский институт пресноводного рыбного хозяйства и развитие аквакультуры/Вопросы рыболовства, 2012 г. - Том 13, № 3(51) С. 456-466, УДК 639.3.03:639.2.03
