«Вольфсберг» был основан Адольфом Плачовским, Карлом Вебером, Германом Майерхофером, Францес Хафнером и Михаэлем Шлахером в 1931 году. После тридцати семи лет, проведённых в нижних лигах, клуб пробился в Австрийскую Региональную Бундеслигу, бывшую тогда, в 1968 году, второй по значимости лигой страны. Следующие 17 лет команда играла в этой лиге за исключением сезона 1977-78, зарекомендовав себя в качестве середняка таблицы.
В конце сезона 1984-85 «Вольфсберг» вновь вылетел из лиги. В 1988-89 и 1990-91 годах клуб возвращался на прежний уровень, но неизменно вылетал. В 1994 году «Вольфсберг» был одним из основателей возрождённой Региональной Бундеслиги — третьей по значимости лиги Австрии. В течение нескольких лет клуб успешно выступал в этом турнире, однако постепенно терял позиции и вылетел в конце сезона 2001-02.
В 2007 году «Вольфсберг» и ФК «St. Andra» решили создать кооперацию. Пока клубы существовали отдельно друг от друга, они часто сотрудничали во многих аспектах. Так как «St. Andra» выступал в Региональной Бундеслиге, кооперация существовала на этом уровне и продолжила в Первой лиге в 2010 году, а в конце сезона 2011-12 перешла в Бундеслигу, после чего была разорвана. С тех пор «Вольфсберг» стал выступать как самостоятельный клуб на высшем уровне австрийского футбола впервые в истории.
В первом сезоне команда финишировала пятой, после чего главный тренер Ненад Белица покинул клуб и начал работать c «Аустрией», чемпионом сезона 2012-13. Его сменил Слободан Грубор, но из-за слабых результатов был вскоре уволен, а место занял Дитмар Кюбауэр.
Клуб унаследовал цвета футбольного клуба «ВАК» — чёрный и белый, к которым после слияния с «Санкт-Андре» был добавлен апельсиновый цвет. На гербе клуба изображена голова волка в чёрно-белом поле.
