Велигтон родился в Фернандополисе, штат Сан-Паулу и на заре карьеры выступал за различные молодёжные и любительские команды. Первым клубом бразильца стал «Парана», за который он провел всего 9 матчей.
18 июня 2008 «Малага» выкупила трансфер бразильца, защитник подписал с андалусским клубом четырёхлетний контракт. Свой первый гол за команду Велигтон забил 17 мая 2009 года в матче против хихонского «Сопртинга»[3]. Бразильский защитник стал бессменным игроком основного состава, но 14 марта 2010 получив травму лодыжки в матче против «Альмерии» выбыл до конца сезона. 16 октября того же года Велигтон с партнером по команде Апоньо в матче против мадридского «Реала», провели свои сотые матчи за клуб.
После масштабной летний трансферной компании 2011 года, в команду пришёл Йорис Матейсен, который занял позицию Велигтона на поле. Бразилец стал появляться на поле, в основном выходя на замену. Первое появление Велигтона на поле в новом сезоне случилось в матче против «Осасуны» 11 декабря 2011 года.
16 мая 2012 года Велигтон подписал с «Малагой» новый однолетний контракт, с возможностью продления ещё на год. В октябре 2015 года он ещё на два года продлил соглашение[4]. В начале сезона 2016/2017 Велигтон получил травму. В январе 2017 года он отстранился от выступлений за клуб, чтобы освободить квотное место для не европейских игроков, что позволило взять в аренду Адальберто Пеньяранду[5]. В ответ на этот жест руководство «Малаги» привлекает Велигтона в тренерский штаб Марсело Ромеро[6], а по отставке последнего, он продолжил работать в штабе Мичела. 17 мая 2017 года, вслед за Мартином Демичелисом, Велигтон объявил о завершении своей карьеры.
