Решение о создании учебного заведения было принято 12 ноября 1960 года Президиумом Народного собрания Народной Республики Болгарии, в 1961 году Варненский медицинский институт начал работу[1][2].
С 1962 году институт начал издание научного журнала «Scripta Scientifica Medica».
В 1995 году медицинский институт получил статус университета.
В 1997 году в состав университета было включено находившееся в Варне медицинское училище (основанное в 1942 году как школа сестёр милосердия).
В 2002 году университету было присвоено имя профессора Параскева Стоянова — медика и общественного деятеля, при содействии которого в Варне был открыт первый в Болгарии детский санаторий по лечению туберкулёза костей.
