Интересы Японии в Бутане представлены через посольство в Нью-Дели, Индия. К апрелю 2014 года Япония планировала открыть посольство в Тхимпху. Одной из причин возможного открытия посольства Японии в Бутане является создание противовеса влиянию Китая в регионе, но недостаток финансирования может помешать реализации этих планов[2][3]. По состоянию на 2017 год Япония по-прежнему реализует свои интересы в Бутане через посла в Индии[4].
Япония оказала помощь Бутану в ликвидации последствий наводнений. Директор департамента гидрометеорологических служб в министерстве экономики Бутана Карма Церинг заявил, что Бутан получает помощь от агентства международного сотрудничества Японии по разработке более дешевой и эффективной системы раннего предупреждения наводнений для минимизации потерь и ущерба. Правительство Японии также проводит геологические исследования в Гималаях. Японское агентство планировало завершить свою работу в Бутане к 2016 году[8].
Туризм
Япония становится популярным направлением отдыха для бутанских туристов. В начале 2012 года ответственный представитель СМИ Совета по туризму Бутана Пхунцо Гъялцен отметил, что число японских туристов, которые посетили страну, значительно возросло, и Япония близка к тому, чтобы стать первым поставщиком туристов для туристической отрасли Бутана. Он также отметил, что резкое увеличение числа японских туристов в Бутан произошло после того, как король Джигме Кхесар Намгьял Вангчук и королева Джецун Пема Вангчук совершили официальный визит в Японию[9][10]. В 2011 году 7000 японцев посетили Бутан, что сделало Японию вторым по величине поставщиком туристов в Бутан[3].