Он начал свою академическую карьеру в качестве лектора в Университете Париж X-Нантер (Université Paris-Nanterre), затем стал профессором Университета Париж 1 Пантеон-Сорбонна (фр.Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne), где до 2019 года руководил Центром GRAMATA (фр.Groupe de recherche antiquité, Moyen Âge et transmission arabe). Является сотрудником исследовательской лаборатории SPHère[5].
Главная фигура в творчестве Жана-Батиста Брёне — Аверроэс (Ибн Рушд, 1126—1198). Он изучает ее с целью исследования как основных концепций фальсафа (особенно в метафизике, антропологии и философии духа), так и наследия этой «арабской» философии в латинской мысли и, в более широком аспекте, в современной европейской мысли.
В своей книге «Аверроэс тревожащий» (фр.Averroès l'inquiétant)[6], опубликованной в издательстве Les Belles Lettres в 2015 году, Жан-Батист Брёне на основе психоанализа анализирует мысли андалузского философа, а также расшифровывает факт отказа западной философии от применявшемся в аверроизме понятия ума, согласно которому интеллект человека представляет собой отдельный от тела экземпляр, единый и вечный для всего человечества.
Также в качестве редактора Жан-Батист Брёне руководит совместно с Кристофом Грелларом (Christophe Grellard) проектом «Translatio. Средневековые философии» («Translatio. Philosophies médiévales») в издательстве Vrin.
2007 : Averroès et les averroïsmes juif et latin, Actes du colloque international (Paris, 16-18 juin 2005), Coll. Textes et Études du Moyen Âge, Brepols — (ISBN 978-2-50352-742-0)
2010 : Thomas d’Aquin, Les Créatures spirituelles. Introduction, traduction et notes de Jean-Baptiste Brenet, Paris, Vrin (coll. " Sic et non ")
2016 : Thomas d’Aquin, L'Âme et le Corps (Somme de Théologie, Ia, q. 75-76), traduction et notes de Jean-Baptiste Brenet, introduction de C. Bazan, Paris, Vrin
2018 : Intellect d’amour (avec Giorgio Agamben), Lagrasse, Verdier
2019 : La Philosophie arabe à l'étude. Sens, limites et défis d’une discipline nouvelle(avec Olga Lizzini), in Studying Arabic Philosophy. Meaning, Limits and Challenges of a Modern Discipline, Paris, Vrin
Perfection de la philosophie ou philosophe parfait ? — Jean de Jandun, lecteur d’Averroès, in Recherches de théologie et philosophie médiévales, Vol. 68, No. 2, 2001, pp. 310—348
Les sources et le sens de l’anti-averroïsme de Thomas de Strasbourg, in Revue des sciences philosophiques et théologiques, 2006/4 (Tome 90)
Thomas d’Aquin pense-t-il ? — Retours sur Hic homo intelligit, in Revue des sciences philosophiques et théologiques, 2009/2 (Tome 93)
Sujet, objet, pensée personnelle : l’Anonyme de Giele contre Thomas d’Aquin, in Archives d’histoire doctrinale et littéraire du Moyen Âge, 2012/1 (Tome 79)
Siger de Brabant et la notion d’operans intrinsecum : un coup de maître ?, in Revue des sciences philosophiques et théologiques, 2013/1 (Tome 97)
Pensée, dénomination extrinsèque et changement chez Averroès — Une lecture d’Aristote, Physique VII, 3, in Archives d’histoire doctrinale et littéraire du Moyen Âge, 2015/1 (Tome 82)
