В марте 1461 года герцог Сомерсет был одним из командиров ланкастерской армии, разбитой йоркистами в битве при Таутоне, после чего вместе с королевой Маргаритой Анжуйской был вынужден бежать в Шотландию. Его титулы и владения были конфискованы по приказу нового короля, Эдуарда IV Йорка.
Летом 1461 года Генри Бофорт отправился во Францию, чтобы провести переговоры о предоставлении помощи с королём Людовиком XI, но тот приказал арестовать герцога. Вскоре он был освобожден и вернулся в Шотландию, не получив никакой помощи от Франции.
С территории Шотландии Генри Бофорт совершал набеги на английские земли и захватывал пограничные замки. Во время осады замка Бамбург в 1462 году был взят в плен Ричардом Невиллом, 16-м графом Уориком. Позже он был помилован Эдуардом IV, а в мае 1463 года ему были возвращены все его титулы и земли.
В 1463 году герцог Сомерсет находился при королевском дворе в качестве военного советника Эдуарда IV, но в конце 1463 года вновь перешёл на сторону ланкастерской партии.
25 апреля 1464 года ланкастерская армия, возглавляемая герцогом Сомерсетом, была разбита йоркистами в битве при Хегли-Муре, а 15 мая — в битве при Хексеме, во время которой герцог попал в плен и был казнён.
Семья и дети
Не был официально женат и не оставил законных детей.
Pollard, A.F. (1909). «Henry Beaufort, third Duke of Somerset». Dictionary of National Biography. 23 (supplement). pp. 157—158.
Устинов В. Г. Столетняя война и Войны Роз. — М.: АСТ: Астрель, Хранитель, 2007. — С. 78—79. — (Историческая библиотека). — 1500 экз. — ISBN 978-5-17-042765-9.