В 1997 году защитила кандидатскую, а в 2002 — докторскую диссертацию по специальности «региональная экономика». Тема докторской диссертации — «Управление муниципальной собственностью в системе региональной экономики: теоретико-прикладной аспект». Работала в «Промстройбанке», страховой компании «Союз». С 1991 года преподавала в ТРТИ/ТРТУ на кафедре экономики, затем на кафедре менеджмента, экономики и маркетинга. С 2003 по 2007 год заведовала кафедрой экономики ТРТИ/ТРТУ. С 2007 по 2010 год работала проректором по экономике ЮФУ. По итогам работы была переведена на должность главного научного сотрудника СКНИИ ЭиСП ЮФУ[2].
В 2010 году перешла на работу в Минобрнауки России, где по 2012 год занимала должность заместителя директора Департамента организации бюджетного процесса, учёта и отчетности.
18 июня 2012 года председатель правительства России Д. А. Медведев назначил М. А. Боровскую ректором ЮФУ[3].
В 2016 году избрана членом-корреспондентом Российской академии образования по отделению философии образования и теоретической педагогики РАО[4].
24 июля 2018 года председатель правительства России Д. А. Медведев назначил М. А. Боровскую заместителем министра науки и высшего образования Российской Федерации, освободив её от ранее занимаемой должности ректора ЮФУ[5].
30 марта 2020 года председатель правительства России Михаил Мишустин освободил М. А. Боровскую от занимаемой должности в связи с переходом на другую работу (распоряжение № 789-р).
Скандалы и критика
В декабре 2016 года в Российскую академию образования было направлено коллективное письмо с просьбой исключить М. А. Боровскую из списков кандидатов на звание членов-корреспондентов РАО в связи с развалом работы ЮФУ. В частности, были высказаны подозрения в работе по «освоению» грантов Минобрнауки России на базе Центра научных исследований «Инструментальные, математические и интеллектуальные средства в экономике» ЮФУ[6].
В июле 2016 года благодаря проведённой сообществом «Диссернет» экспертизе стало известно, что Марина Боровская являлась научным руководителем работы над кандидатской диссертацией начальника управления торговли администрации Таганрога Е. И. Лабуцкой[7]. Диссертация Лабуцкой «Совершенствование механизма формирования и реализации промышленной политики: программно-целевой подход» была успешно защищена в 2010 году (диссертационный совет ЮФУ). Согласно результатам экспертизы, диссертация Е. И. Лабуцкой (позже приговоренной за мошенничество к 20 месяцам тюремного заключения), написанная под руководством Марины Боровской, практически полностью скопирована с диссертации проректора ЮФУ Инны Шевченко «Инструментарно-технологическая поддержка процесса управления экономическими системами: программно-проектный подход» (2009). Диссертация Лабуцкой «Совершенствование механизма формирования и реализации промышленной политики: программно-целевой подход» была успешно защищена в 2010 году в диссертационном совете ЮФУ 212.208.28[7], председателем которого с 2003 года являлась Боровская[8].
Впоследствии Диссернет нашел ещё несколько диссертаций с некорректными заимствованиями, в защитах которых принимала участие М. Боровская в качестве научного руководителя или оппонента, а также несколько некорректных журнальных публикаций с её авторством[9].
В период работы Боровской проректором ЮФУ в этом университете защитил кандидатскую диссертацию Сергей Цапок[10][11].
