В 1995-2003 годах работал в должности старшего научного сотрудника в Лаборатории кинетических методов анализа на Кафедре аналитической химии МГУ. С 2003 года - ведущий научный сотрудник.
Научная деятельность
Научные интересы: экстракция металлов макроциклическими реагентами, кинетические методы анализа, флуориметрические методы определения и обнаружения низкомолекулярных органических соединений, биовизуализация. Разработал новые подходы в аналитическом определении металлов и органических соединений кинетическими методами.
М. К. Беклемишев — автор около 60 научных публикаций, индексируемых РИНЦ, среди которых также 4 патента. Суммарно его работы цитировались свыше 250 раз, индекс Хирша — 10 (данные РИНЦ на конец 2018 года).
Педагогическая деятельность
Ведет занятия по курсу "Методы анализа веществ и материалов" на Факультете наук о материалах МГУ.
Читает лекции по кинетическим методам анализа и распознаванию малых молекул для старшекурсников и аспирантов Химического факультета МГУ.