Уроженец словенского города Випавы (Vipava), этнический немец. Сын высокопоставленного имперского чиновника, юность провёл при дворе Фридриха III, императора Священной Римской империи.
Командуя отрядом наёмников, оказал императору Фридриху III ряд услуг, в частности, в 1452 защищал родину императора г. Винер-Нойштадт от армии восставших феодалов[2]. За это был щедро вознаграждён и получил право собственной чеканки монет и разрешения основать город рядом с его замком-крепостью Бург Шлайнинг.
С 1453 по 1457 он служил венгерско-богемскому королю Ладиславу Постуму. Во время избрания короля ВенгрииМатьяша I Корвина выступал на его стороне, участвовал в подавлении восстания горожан Вены (1462), был надёжным сторонником императора Фридриха III.
В 1469, однако, встал на сторону оппозиции против императора и организовал совместно с венгерским королём Матьяшем I Корвином восстание знати в Штирии против Фридриха III. Выиграл несколько сражений у имперских войск и занял ряд городов.
В октябре 1469 между Фридрихом III и Баумкирхером было заключено перемирие, на выгодных для барона условиях. Условиями договора предусматривалась полная амнистия Баумкирхер и выплата ему 14 000 гульденов. Однако, из-за отсутствия платежей, Баумкирхер осенью 1470 вновь возобновил боевые действия против императора Фридриха III.
23 апреля 1471 Баумкирхер прибыл в Грац для переговоров, где внезапно был схвачен, и в тот же вечер без суда и следствия — обезглавлен.
Память
С согласия императора Франца Иосифа I в феврале 1863 Андреас Баумкирхер был внесён в список «самых известных и достойных военачальников и генералов Австрии». В его честь в Фельдмаршальском Зале вновь построенного Hofwaffenmuseums в (ныне Военно-исторический музей в Вене) была установлена статуя из каррарского мрамора в натуральную величину. Статуя была создана в 1872 году скульптором Винцентом Пильцем (1816—1896).