Отец Маркоса — Христос — ливанец, а мать — греческая киприотка. Начал играть в теннис в пять лет вместе с отцом и двумя старшими братьями Мариносом (род. 1977) и Петросом (род. 1979). В 1999 году стал учиться в теннисной академии Патрика Муратоглу во Франции.
14 июля 2012 года Багдатис оформил свои отношения с хорваткой Каролиной Шпрем (также профессиональным игроком в теннис). 20 октября 2012 года у них родился первенец — дочь Захара.
В 2005 году Маркос получил премию «Человек года» на Кипре.
Спортивная карьера
Начало карьеры
Профессиональную карьеру начал в 2003 году. В этот год он выиграл на юниорском турнире Открытого чемпионата Австралии. В апреле того же года он выиграл первый «фьючерс». До конца года он выиграл ещё три турнира этой серии, а также вышел в финал турнира «челленджера» в Бухаре. В 2004 году выступил на Летних Олимпийских играх в Афинах, где сумел выйти во второй раунд. В этом же сезоне на Открытом чемпионате США дебютировал в основных соревнованиях на турнире серии Большого шлема. Ему удалось выйти во второй раунд, где он впервые сразился с первой ракеткой мира Роджером Федерером у которого смог выиграть один сет 2-6, 7-6(4), 3-6, 1-6. Осенью 2004 года выиграл два «Челленджера» (в Болтоне и Братиславе).
На Открытом чемпионате Австралии 2005 года Багдатис вышел в четвёртый раунд, обыграв Федерико Луцци, Ивана Любичича и Томми Робредо. Путь дальше ему преградил № 1 в мире Роджер Федерер. Этот результат позволил Маркосу войти в первую сотню. После турнира получил травму локтя и не выступал до конца апреля. В июне выиграл «Челленджер» в Кордобе. В октябре он вышел в четвертьфинал турнира в Токио и впервые в финал турнира ATP в Базеле.
2006—2007 (финал Большого шлема)
В 2006 году стартовал с турнира в Дохе, где дошёл до четвертьфинала. Самый большой профессиональный успех Багдатиса — выход в финал Открытого чемпионата Австралии в 2006 году. Для 20-летнего киприота это был всего лишь второй в карьере финал турнира ATP, Маркос даже не был сеянным в Австралии. По пути он обыграл трёх теннисистов из первой десятки (в четвёртом раунде Энди Роддика и в четвертьфинале Ивана Любичича). В полуфинале Багдатис проигрывал № 4 в мире Давиду Налбандяну 0-2 по сетам, но сумел победить. Это была уже третья победа в 5 сетах на турнире для Багдатиса. В финале киприот, поддерживаемой греческой диаспорой в Австралии, выиграл у первой ракетки мира Роджера Федерера первый сет и вёл во втором с брейком, но затем швейцарец перехватил инициативу и уверенно довёл матч до победы.
История выступления на Открытом чемпионате Австралии 2006 года
Благодаря этому выступление Маркос в рейтинге поднялся на 27 мест и стал занимать 27-ю строчку. В марте 2006 года смог выйти в четвертьфинал на турнире серии Мастерс в Индиан-Уэлсе. Грунтовая часть сезона сложилась для Багдатиса неудачно и он так не смог преодолеть первых раундов на турнирах. Результаты вернулись к нему уже на траве. На турнире в Хертогенбосе он вышел в полуфинал. На Уимблдонском турнире Багдатис был в шаге от выхода во второй в сезоне финал турнира Большого шлема. Дойдя до полуфинала, он обыграл на своем пути в том числе Себастьена Грожана, юного Энди Маррея и Ллейтона Хьюитта. Путь дальше ему преградил Рафаэль Надаль, выиграв у киприота легко в трёх сетах 6-1, 7-5, 6-3. После Уимблдона он впервые поднялся на 10-е место в мировом рейтинге. В августе поднялся на высшее в карьере 8-е место в рейтинге. В сентябре 2006 года Маркос, уже будучи игроком топ-10, наконец-то смог завоевать свой первый титул на турнире ATP. Произошло это на турнире в Пекине, где он в финале переиграл Марио Анчича — 6-4, 6-0.
На старте сезона 2007 года Багдатис дважды вышел в четвертьфинал в Дохе и Сиднее. На Открытом чемпионате Австралии, где год назад он вышел в финал, Маркос на этот раз выбыл уже во втором раунде, уступив Гаэлю Монфису 6-7(5), 2-6, 6-2, 0-6. В феврале выиграл турнир в Загребе, где в финале он переиграл хорвата Ивана Любичича 7-6(4), 4-6, 6-4. Затем вышел в финал в Марселе, где уже уступил французу Жилю Симону 4-6, 6-7(3). В начале мая дошёл до полуфинала на грунтовом турнире в Мюнхене. На Открытом чемпионате Франции впервые вышел в четвёртый раунд. В июне на турнире в Халле выходит в финал. На Уимблдонском турнире дошёл до четвертьфинала, обыграв по пути Давида Налбандяна и № 4 в рейтинге Николая Давыденко. В борьбе за выход в полуфинал он в упорной борьбе уступил Новаку Джоковичу 6-7(4), 6-7(9), 7-6(3), 6-4, 5-7. Их матч продолжался ровно 5 часов.
В сентябре Багдатис вышел в четвертьфинал в Пекине. В октябре дошёл до полуфинала в Базеле. На турнире Мастерс в Париже он вышел в полуфинал и смог обыграть двух теннисистов из первой десятки (Давыденко и Робредо).
2008—2010
На Открытом чемпионате Австралии 2008 года Багдатис уступил в третьем раунде Ллейтону Хьюитту 6-4, 5-7, 5-7, 7-6(4), 3-6. В феврале вышел в полуфинал на турнире в Марселе. В июле на турнире в Халле вышел в четвертьфинал. На Уимблдонском турнире дошёл до четвёртого раунда. Из-за травмы ему пришлось пропустить следующую за Уимблдоном часть сезона в том числе и Открытый чемпионат США. Возвращение Багдатиса на корт состоялось в сентябре, но без особого успеха. На трёх турнирах ATP на которых он выступил он выбывал в первом же раунде.
В 2009 году на Открытом чемпионате Австралии вышел в четвёртый раунд, где уступил Новаку Джоковичу. В феврале вышел в четвертьфинал на турнире в Йоханнесбурге и Делрей-Бич. Следующая часть сезона сложилась для Багдатиса крайне неудачно. Ни на одном из турнирах он не мог преодолеть первых раундов и летом вылетел из первой сотни рейтинга ATP. С августа, помимо турниров ATP, стал выступать на «Челленджерах». В итоге он одержал на них три победы (в Ванкувере, Сен-Реми-де-Прованс и Ташкенте) и вернулся в первую сотню. В октябре Багдатис выиграл титул на турнире ATP в Стокгольме. В финале он выиграл Оливье Рохуса 6-1, 7-5.
В начале сезона 2010 года выиграл турнир в Сиднее, обыграв в финале Ришара Гаске 6-4, 7-6(2). На Открытом чемпионате Австралии проиграл в третьем раунде Хьюитту. В феврале выходит в полуфинал на турнире в Дубае. В мае до той же стадии доходит в Мюнхене. Перед Открытым чемпионатом Франции вышел в четвертьфинал в Ницце. На самом чемпионате Франции в третьем раунде уступил Энди Маррею. На Уимблдоне выбыл уже в первом раунде. В августе дошёл до финала на турнире в Вашингтоне, где уступил Налбандяну 2-6, 6-7(4). На турнире Мастерс в Цинциннати Багдатису в четвертьфинале удалось переиграть первую ракетку мира Рафаэля Надаля 6-4, 4-6, 6-4. В полуфинале он уступил № 2 Роджеру Федереру
4-6, 3-6. На турнире в Нью-Хейвене он дошёл до четвертьфинала, а на Открытом чемпионате США оступился в первом же раунде, уступив Арно Клеману 3-6, 6-2, 6-1, 4-6, 5-7. В сентябре Багдатис дошёл до четвертьфинала в Куала-Лумпуре. В октябре в Москве выходит в свой 10-й в карьере одиночный финал на турнирах ATP. Его он проиграл Виктору Троицки 6-3, 4-6, 3-6. На турнире в Вене он дошёл до четвертьфинала. По итогу сезона 2010 года он занял 20-е место.
2011—2013
В январе 2011 года на турнире в Брисбене вышел в четвертьфинал. На Открытом чемпионате Австралии выбыл в третьем раунде. В феврале вышел в четвертьфинал в Роттердаме. На Открытом чемпионате Франции проиграл во втором раунде. На турнире в Хертенгебосе вышел в полуфинал, а на Уимблдонском турнире проиграл в матче третьего раунда Новаку Джоковичу. В августе сыграл в четвертьфинале на турнирах в Вашингтоне и Уинстон-Сейлеме. Осенью 2011 года дошёл до финала на турнире в Куала-Лумпур, где проиграл Янко Типсаревичу 4-6, 5-7.
В начале сезона 2012 года Багдатис вышел в четвертьфинал в Брисбене и полуфинал в Сиднее. На Открытом чемпионате Австралии в матче второго раунда Маркос установил своеобразный рекорд: проиграв два сета швейцарцу Станисласу Вавринке, Багдатис во время смены сторон сломал подряд 4 ракетки, с двух из них даже не сняв пластиковые пакеты[3]. Третий сет остался за киприотом, но Вавринка выиграл 4-й, а с ним и матч — 7-63 6-4 5-7 6-1. В феврале он вышел в полуфинал в Загребе. Там же вместе с Михаилом Южным он впервые выиграл парный титул ATP. В мае Маркос попал в четвертьфинал в Мюнхене. На Открытом чемпионате Франции вышел во второй раунд, а на Уимблдонский турнир в третий. В конце июля принял участие в летних Олимпийских играх 2012 года в Лондоне. Там он дошёл до третьего раунда, где уступил будущему Олимпийскому чемпиону Энди Маррею. На Открытом чемпионате США проиграл на стадии второго раунда Александру Долгополову 4-6, 6-3, 0-6, 6-7(5). На турнире в Токио и Стокгольме в октябре он вышел в полуфинал.
Сезон 2013 года он начал в Брисбене, где дошёл до полуфинала. На Открытом чемпионате Австралии вышел в третий раунд. В феврале вышел в четвертьфинал в Роттердаме. После этого выступления Багдатиса пошли на спад. Он умудрился проиграть 10 встреч подряд на различных турнирах (не считая Кубок Дэвиса), включая Открытый чемпионат Франции и Уимблдонский турнир. В августе он начал преодолевать кризис и сыграл в четвертьфинале турнира в Вашингтоне. На Открытом чемпионате США киприот добрался до третьего раунда.
2014—2016
Сезон 2014 года Багдатис начал неудачно и выбыл за пределы первой сотни рейтинга. С апреля по июнь он был травмирован и, вернувшись на корт, сыграл на «челленджере» в Ноттингеме и выиграл его. В августе в Северной Америке Маркос выиграл ещё два «челленджера» (в Ванкувере и Аптосе) и вернул себе место в топ-100. В ноябре он смог победить ещё в одном «челленджере» в Женеве.
На Открытом чемпионате Австралии 2015 года Багдатис вышел в третий раунд. В феврале на зальном турнире в Загребе он смог выйти в полуфинал. Следующий раз до полуфинала ему удалось дойти уже в июне на траве в Ноттингеме. К тому же во втором раунде тех соревнований Маркос переиграл № 7 в мире Давида Феррера — 6-2, 7-6(4). На Уимблдоне он доиграл до третьего раунда. В начале августа Багдатис впервые за четыре года сыграл в одиночном финале турнира в Мировом туре. Произошло это на харде в Атланте, где в борьбе за главный приз он проиграл американцу Джону Изнеру — 3-6, 3-6. Следующие результаты Багдатиса были далеки от хороших и лишь в октябре на турнире в Стокгольме он смог выйти в полуфинал. Сезон киприот завершил в топ-50 одиночного рейтинга.
В феврале 2016 года Багдатис сыграл в четвертьфинале турнира в Монпелье. Через три недели после этого он смог хорошо себя проявить на турнире в Дубае, где вышел в финал. В титульном матче Багдатис не смог обыграть № 4 в мире Стэна Вавринку — 4-6, 6-7(13). В грунтовой части сезона лучшим результатом киприота стал выход в 1/4 финала в апреле на турнире в Хьюстоне. В июне на травяном турнире в Халле он смог победить в первом раунде № 8 в мире Томаша Бердыха — 7-6(3), 7-6(4) и после ещё одной победы выйти в четвертьфинал. Также в 1/4 финала он прошёл и наследующем турнире в Ноттингеме. В июле Багдатис сыграл на турнире в Ньюпорте, где добрался до полуфинала. На Открытом чемпионате США Маркос впервые с 2009 года смог выйти в четвёртый раунд турнира серии Большого шлема. Сезон он завершил в качестве игрока топ-40, заняв 36-е место.
2017—2019
С 2017 года результаты Багдатиса пошли на спад. В январе того года он смог выйти в полуфинал турнира в Окленде. Он пропустил несколько месяцев и выбывал в первых же раундах на ряде турниров. Следующего заметного результата Маркос добился в июне на турнире в Анталье, доиграв там до полуфинала. После поражения в первом раунде Открытого чемпионата США и потери рейтингов очков он опустился во вторую сотню классификации. На короткое время он вернулся в топ-100 после выхода в финал на турнире в Чэнду. Доиграть тот финал он не смог, отказавшись от продолжения матча против Дениса Истомина в первом сете.
В начале февраля 2018 года Маркос принял участие на турнире в Софии, где дошёл до четвертьфинала. В марте на Мастерсе в Индиан-Уэлсе он сумел, начав с квалификации доиграть до четвёртого раунда, но на матч за выход в 1/4 финала он не вышел из-за травмы. В июле киприот вышел в четвертьфинал турнира в Атланте.
Следующего четвертьфинала в Мировом туре он добился уже в феврале на турнире в Монпелье, куда Багдатис попал, отобравшись через квалификацию. В марте он выиграл турнир серии «челленджер» в Шэньчжэнь, обыграв в финале итальянца Стефано Наполитано. Этот титул стал последним в профессиональной карьере киприота. В июле 34-летний Багдатис завершил карьеру теннисиста. Последним турниром, на котором он сыграл, стал Уимблдон, где Багдатис вышел во второй раунд.